Add Claude memory store synced via Gitea

Move ~/.claude/projects/U--janssen/memory into repo (claude-memory/) linked back via a directory junction so memory persists across machines. Co-Authored-By: Claude Opus 4.8 <noreply@anthropic.com>
2026-06-02 22:57:44 +02:00
parent f11d407b73
commit 2d65ad2988
8 changed files with 200 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,7 @@
+# Memory Index
+
+- [Pracovat v maintree](feedback_worktree.md) — vždy pracuj v `U:/janssen/`, ne ve worktree větvích
+- [Projekt Covance UCO3001](project_covance.md) — report vzorků studie 77242113UCO3001, skript `create_report.py`, zdroj + logika OK statusů
+- [EDC import do MongoDB](project_edc_mongo.md) — skript `medidata/edc_import.py`, import Data Listing + QueryDetails CSV do MongoDB (192.168.1.76), kolekce `queries` + `queries_snapshots` pro tracking vývoje queries v čase
+- [Dropbox file transfer](project_dropbox_file_transfer.md) — přenos souborů z JNJ PC do Dropboxu přes msgreceiver kontejner na Unraidu
+- [Graph email import](project_graph_email_import.md) — import JNJ emailů do schránky vladimir.buzalka@buzalka.cz přes Graph API
@@ -0,0 +1,11 @@
+---
+name: Pracovat v maintree
+description: Uživatel preferuje práci v hlavním repozitáři, ne ve worktree
+type: feedback
+---
+
+Vždy pracuj přímo v hlavním repozitáři (`U:/janssen/`), ne ve worktree větvích.
+
+**Why:** Uživateli to nevadí a je to jednodušší — vyhneme se problémům jako spouštění skriptů se starými cestami z worktree.
+
+**How to apply:** Soubory čti a edituj z `U:/janssen/`, skripty spouštěj přímo odtud.
@@ -0,0 +1,26 @@
+---
+name: Projekt Covance UCO3001
+description: Klinická studie 77242113UCO3001 — generování přehledového reportu vzorků
+type: project
+---
+
+Skript `U:/janssen/Covance_UCO3001/create_report.py` generuje xlsx report ze vzorků Covance.
+
+**Zdroj dat:**
+- `Protocol 77242113UCO3001 - All Samples.xlsx` — hlavní zdroj vzorků (header=0, sloupec pacienta = `Patient No.`)
+- `_EDCStdRpt-DataListing.csv` — návštěvy pacientů pro list "Seznam pacientů"
+
+**Výstup:** `U:/Dropbox/!!!Days/Downloads Z230/YYYY-MM-DD 77242113UCO3001 Speciment Inventory report.xlsx`
+
+**Struktura výstupního souboru:**
+1. List **"Zdroj"** — kopie zdrojového xlsx, sloupce autofitnuté
+2. List **"Přehled vzorků"** — přehled vzorků per pacient (BXSCR screening + visity I-0, I-2, I-4) s hyperlinkami do Zdroje
+3. List **"Seznam pacientů"** — návštěvy z CSV
+
+**Klíčová logika:**
+- Zelená buňka (OK) = Sample Status je `Received`, `In Inventory` nebo `Shipped`
+- Červená buňka = vše ostatní (Not Received, Cancelled, Removed) nebo chybějící záznam
+- Excel row offset = index + 2 (header v řádku 1)
+- `get_specimen_info` i `get_label_info` filtrují pouze OK_STATUSES
+
+**Why:** Původní soubor `3001Specimeninventoryreport_30c1e108.xlsx` byl nahrazen novým `Protocol 77242113UCO3001 - All Samples.xlsx`, který má header v řádku 1 a jiný název sloupce pacienta.
@@ -0,0 +1,24 @@
+---
+name: dropbox-file-transfer
+description: Přenos souborů z JNJ počítače do Dropboxu přes msgreceiver Docker kontejner na Unraidu
+metadata: 
+  node_type: memory
+  type: project
+  originSessionId: a5eaa623-110f-4feb-b3c0-46457c93d222
+---
+
+Systém pro přenos souborů z JNJ počítače do Dropboxu (`/!!!Days/Downloads Z230/`).
+Kontejner msgreceiver nyní také importuje JNJ emaily do Graph API — viz [[graph-email-import]].
+
+**Architektura:**
+- `EmailsImport/janssenpc_file_send.py` — běží na JNJ PC, čte soubory z `C:\Users\vbuzalka\OneDrive - JNJ\##JNJPrenos\`, posílá je na `https://msgs.buzalka.cz/upload-dropbox`, po úspěšném uploadu maže
+- `EmailsImport/DockerCustomApp/app.py` — FastAPI kontejner `msgreceiver` na Unraidu (192.168.1.76:8765), endpoint `/upload-dropbox` nahrává soubory přes Dropbox API
+- Dropbox credentials (APP_KEY, APP_SECRET, REFRESH_TOKEN) jsou v `.env` uvnitř Docker image
+- Kontejner config: volume `/mnt/user/JNJEMAILS:/msgs`, port 8765, restart unless-stopped
+- Unraid appdata: `\\tower\appdata\msgreceiver\` (`/mnt/user/appdata/msgreceiver/`)
+
+**Why:** JNJ počítač nemá přímý přístup k Dropboxu, přenos jde přes Unraid jako prostředníka.
+
+**How to apply:** Při změnách v `DockerCustomApp/` je potřeba rebuild image na Unraidu (SSH root@192.168.1.76, heslo v BUILD.md). Postup: SFTP upload souborů → `docker build` → `docker stop/rm/run`. Bez redeploye se změny neprojeví (2026-05-29: 442 .db souborů se nehromadilo kvůli chybějícímu redeployi). Refresh token z `10 GetOneTimeDropBoxAuth.py` platí dokud se appka neodvolá.
+
+Souvisí s [[edc-mongo-import]] — stejný Docker server.
@@ -0,0 +1,92 @@
+# Projekt: Import EDC reportů do MongoDB
+
+## Stav: rozpracováno (2026-05-20)
+
+## Co je hotovo
+
+### Skript `U:/janssen/medidata/edc_import.py`
+- Import CSV reportů z Medidata Rave EDC do MongoDB
+- Spuštění: `python edc_import.py downloads/*.csv`
+- Default MongoDB: `mongodb://192.168.1.76:27017` (bez autentikace)
+- Default databáze: `edc`
+- Parametry: `--host`, `--db`
+
+### Dva typy CSV souborů — skript je detekuje automaticky
+
+**1. Data Listing reporty** (mají příponu `_DataListing.csv`)
+- Sloupce: pevná metadata + Field1Value/Field1Label … Field300Value/Field300Label
+- Kolekce: odvozena z názvu souboru mezi `EDC_` a `_DataListing`
+  - např. `MDD3003_DateofVisit`, `MDD3003_InterimInvestigatorSignature`
+- Upsert klíč: `form.recordId`
+- Struktura dokumentu: `study`, `site{}`, `subject{}`, `form{}`, `fields{}`, `lastModified`, `importedAt`, `sourceFile`, `_meta{}`
+- Importováno a otestováno: `MDD3003_DateofVisit` (381 záznamů)
+
+**2. QueryDetails reporty** (mají sloupec `QueryID(ReQry)`)
+- Kolekce: vždy `queries` (všechny studie dohromady)
+- Upsert klíč: `queryId`
+- Struktura dokumentu: `study`, `site{}`, `subject{}`, `visit`, `page`, `field`, `queryGroup`, `queryId`, `queryStatus`, `openedBy/Date`, `answeredBy/Date`, `closedBy/Date`, `daysNotYetClosed`, `daysToAnswer`, `daysToClose`, `queryText`, `answerText`, `importedAt`, `sourceFile`, `_meta{}`
+- Importováno: 2091 queries (MDD3003, stav 2026-05-20)
+
+### Daily snapshots pro queries
+- Kolekce: `queries_snapshots`
+- Každý import QueryDetails zapíše i snapshot s `snapshotDate` (datum ze jména souboru)
+- Upsert klíč: `(queryId, snapshotDate)` — žádné duplikáty, bezpečný reimport
+- Účel: sledování vývoje statusů v čase (Open → Answered → Closed → requeried)
+- Objem: ~3000 queries × 365 dní × 2 roky ≈ 2M dokumentů — MongoDB zvládá
+
+### Logika pro QueryDetails se dvěma soubory
+Každý den se stahují dva soubory:
+- Menší: pouze Open + Answered queries
+- Větší: všechny queries včetně Closed
+
+Oba se importují — upsert na `queryId` zajistí, že každá query je v `queries` jednou.
+Menší soubor je podmnožina většího → výsledek je vždy kompletní sada.
+
+### Indexy
+**queries:**
+- `queryId` (unique)
+- `subject.label`, `site.number`, `queryStatus`, `openedDate`
+
+**queries_snapshots:**
+- `(queryId, snapshotDate)` (unique)
+- `snapshotDate`, `queryStatus`, `site.number`, `subject.label`
+
+**Data Listing kolekce:**
+- `form.recordId` (unique, sparse)
+- `subject.id`, `site.id`, `study`, `lastModified`
+
+## Co zbývá udělat
+- [ ] Importovat zbývající soubory ze složky `downloads`
+- [ ] Nastavit zálohování MongoDB (obdoba `mysqldump` → `mongodump`)
+- [ ] Případně naplánovat automatické denní stahování + import
+
+## Příklady dotazů
+
+```js
+// Aktuální open queries
+db.queries.find({ queryStatus: "Open" })
+
+// Trend open queries v čase
+db.queries_snapshots.aggregate([
+  { $match: { queryStatus: "Open" } },
+  { $group: { _id: "$snapshotDate", count: { $sum: 1 } } },
+  { $sort: { _id: 1 } }
+])
+
+// Historie statusů jedné query
+db.queries_snapshots.find(
+  { queryId: "20915933" },
+  { snapshotDate: 1, queryStatus: 1 }
+).sort({ snapshotDate: 1 })
+
+// Queries pacienta
+db.queries.find({ "subject.label": "CZ100040001" })
+
+// Všechny záznamy ze site
+db.MDD3003_DateofVisit.find({ "site.number": "S10-CZ10004" })
+```
+
+## Soubory
+- Skript: `U:/janssen/medidata/edc_import.py`
+- Log: `U:/janssen/medidata/edc_import.log`
+- Stažené CSV: `U:/janssen/medidata/downloads/`
@@ -0,0 +1,40 @@
+---
+name: graph-email-import
+description: Import JNJ emailů do schránky vladimir.buzalka@buzalka.cz přes Microsoft Graph API
+metadata:
+  node_type: memory
+  type: project
+  originSessionId: current
+---
+
+Import emailů z JNJ Outlook schránky do osobní schránky `vladimir.buzalka@buzalka.cz` přes Microsoft Graph API.
+
+**Architektura:**
+- `EmailsImport/janssenpc_email_send_new_v1.4.py` — běží na JNJ PC, posílá .msg + `folder` parametr (plná cesta, např. `/vbuzalka@its.jnj.com/Inbox/TMP`) na `https://msgs.buzalka.cz/upload`
+- `EmailsImport/DockerCustomApp/app.py` v1.3 — FastAPI kontejner `msgreceiver` na Unraidu, při příjmu .msg s `folder`:
+  1. Uloží .msg na disk (jako dřív)
+  2. Parsuje .msg (extract_msg) — subject, body, from, to, cc, datum, přílohy
+  3. Mapuje JNJ folder cestu na Graph folder pod `Inbox/JNJ/...`
+  4. Vytváří chybějící složky automaticky
+  5. Importuje email přes Graph API jako přijatý (ne draft — MAPI property `PR_MESSAGE_FLAGS 0x0E07 = 1`)
+- Bez `folder` parametru (starý klient) — email se uloží na disk ale neimportuje do Graph (zpětná kompatibilita)
+
+**Mapování složek:**
+- `/vbuzalka@its.jnj.com/Inbox` → `Inbox/JNJ/Inbox`
+- `/vbuzalka@its.jnj.com/Sent Items` → `Inbox/JNJ/Sent Items`
+- `/vbuzalka@its.jnj.com/Inbox/TMP` → `Inbox/JNJ/Inbox/TMP`
+- `/Online Archive - vbuzalka@its.jnj.com/Inbox` → `Inbox/JNJ/Online Archive/Inbox`
+
+**Azure AD App (PythonMailer):**
+- Tenant: `7d269944-37a4-43a1-8140-c7517dc426e9` (TrialHelp s.r.o.)
+- Client ID: `4b222bfd-78c9-4239-a53f-43006b3ed07f`
+- Permissions: Mail.Send (Application), Mail.ReadWrite (Application), User.Read (Delegated) — all granted
+- Credentials v app.py (Docker image), NE na JNJ PC
+
+**Logování na JNJ PC:**
+- `C:\Users\vbuzalka\SQLITE\jnjemails_uploads.log` — každý upload (filename, folder, response)
+- `C:\Users\vbuzalka\SQLITE\jnjemails_errors.log` — chyby
+
+**Staré emaily (69k):** zatím neimportovány, plánován jednorázový batch import.
+
+Souvisí s [[dropbox-file-transfer]] — stejný Docker kontejner msgreceiver.