notebook

PSA/01 PSA.md

@@ -0,0 +1,176 @@
+# 01 PSA.py — Dokumentace
+
+## Účel
+
+Skript generuje report výsledků PSA (prostatický specifický antigen) z databáze Medicus (Firebird) a exportuje ho do formátovaného Excel souboru. Výsledky jsou barevně označeny podle poměru naměřené hodnoty k horní hranici normy. Skript zároveň sleduje historii vykázání PSA pojišťovně a počítá, kdy by měl být výkon vykázán příště.
+
+---
+
+## Databázové připojení
+
+| Parametr   | Hodnota                              |
+|------------|--------------------------------------|
+| Host       | `localhost`                          |
+| Port       | `3050`                               |
+| Databáze   | `c:\Medicus 3\data\MEDICUS.FDB`      |
+| Uživatel   | `SYSDBA`                             |
+| Heslo      | `masterkey`                          |
+| Kódování   | `WIN1250`                            |
+
+> Jde o **lokální testovací instanci** Medicus. Produkční verze (`Reporter PSA.py`) se připojuje na `192.168.1.10`, databáze `m:\Medicus\data\MEDICUS.FDB`.
+
+---
+
+## Výstup
+
+Soubor se ukládá do:
+```
+u:\Dropbox\!!!Days\Downloads Z230\
+```
+Název souboru: `YYYY-MM-DD HH-MM-SS PSA report.xlsx`
+
+Před každým spuštěním jsou **automaticky smazány** všechny starší soubory v této složce, jejichž název končí na `PSA report.xlsx`.
+
+---
+
+## SQL dotaz — co se táhne z databáze
+
+Dotaz vytáhne všechna PSA měření bez datumového omezení, seřazená od nejnovějšího.
+
+### Tabulky
+
+| Tabulka     | Alias | Popis                              |
+|-------------|-------|------------------------------------|
+| `labvh`     | `vh`  | Hlavičky laboratorních vyšetření   |
+| `labvd`     | `vd`  | Výsledky laboratorních vyšetření   |
+| `kar`       |       | Kartotéka pacientů                 |
+| `labmetod`  | `lm`  | Laboratorní metody (název, kód)    |
+| `labjedn`   | `lj`  | Jednotky výsledků                  |
+| `labskaly`  | `ls`  | Referenční rozmezí (normy)         |
+| `dokladd`   | `dd`  | Vykázané výkony pojišťovně         |
+
+### Filtr
+
+```sql
+WHERE lm.nazev CONTAINING 'PSA'
+```
+Bez datumového omezení — bere všechna PSA z celé databáze.
+
+---
+
+## Sloupce ve výsledném Excel souboru
+
+| Sloupec       | Zdroj / Popis |
+|---------------|---------------|
+| `IDPACIENT`   | ID pacienta z `labvh` |
+| `PRIJMENI`    | Příjmení z kartotéky |
+| `JMENO`       | Jméno z kartotéky |
+| `RODCIS`      | Rodné číslo |
+| `DATUM`       | Datum odběru PSA |
+| `MINULE`      | Datum posledního vykázání kódu `01130` **před** tímto PSA + vypočtený termín příštího vykázání dle kódů z té návštěvy (viz logika níže) |
+| `VYKODOVANO`  | Seznam výkonů vykázaných pojišťovně v okně ±7 dní od data PSA (kódy 01130–01134), formát: `"YYYY-MM-DD kod, ..."` |
+| `DALŠÍ`       | Vypočtený termín příštího vykázání PSA dle kódů v `VYKODOVANO` (viz logika níže) |
+| `KODTEXT`     | Kód laboratorní metody |
+| `NAZEV`       | Název laboratorní metody |
+| `VYSL`        | Naměřená hodnota (text, např. `"5,6"`, `"<0.1"`) |
+| `JEDN`        | Jednotka výsledku |
+| `NORMDOL`     | Dolní hranice normy |
+| `NORMHOR`     | Horní hranice normy |
+| `VYSL_NUM`    | Numerická hodnota z `VYSL` (pomocný sloupec pro výpočty) |
+| `NORMHOR_NUM` | Numerická hodnota z `NORMHOR` (pomocný sloupec) |
+| `RATIO`       | `VYSL_NUM / NORMHOR_NUM` — poměr hodnoty k horní normě (základ pro barevné zvýraznění) |
+
+---
+
+## Logika sloupců MINULE a DALŠÍ
+
+Kódy pojišťovny relevantní pro PSA:
+
+| Kód     | Význam                                      | Interval opakování |
+|---------|---------------------------------------------|--------------------|
+| `01130` | Základní vykázání PSA                       | —                  |
+| `01131` | PSA s rozšířeným sledováním (rizikový)      | za **4 roky**      |
+| `01132` | PSA se středním sledováním                  | za **2 roky**      |
+| `01133` | PSA — jednorázový výkon (bez opakování)     | **NIKDY**          |
+| `01134` | Ostatní / doplňkový kód                     | —                  |
+
+### Sloupec DALŠÍ
+
+Vypočítá se z kódů nalezených v `VYKODOVANO` (okno ±7 dní od data PSA):
+
+```
+01133 → "NIKDY"
+01131 → datum PSA + 4 roky
+01132 → datum PSA + 2 roky
+jinak → prázdné
+```
+
+### Sloupec MINULE
+
+1. SQL subquery najde `MAX(datose)` z `dokladd` kde `kod = '01130'` a `datose < datum PSA` — tedy **poslední vykázání PSA před tímto odběrem**.
+2. Python pak k tomuto datu dohledá kódy `01131`, `01132`, `01133` vykázané v okně ±7 dní a aplikuje stejnou logiku jako DALŠÍ.
+
+Výsledný formát: `"2024-03-15, další 2028-03-15"` nebo `"2024-03-15, další NIKDY"` nebo jen `"2024-03-15"` (pokud nebyl nalezen žádný rozhodující kód).
+
+---
+
+## Parsování výsledků (funkce `to_num`)
+
+Hodnoty PSA přicházejí jako text. Funkce `to_num` extrahuje číslo i z nestandardních zápisů:
+
+| Vstup       | Výstup           | Poznámka                              |
+|-------------|------------------|---------------------------------------|
+| `"5,6"`     | `5.6`            | česká desetinná čárka                 |
+| `"<0.1"`    | `0.05`           | pod mezí detekce → polovina hodnoty   |
+| `">100"`    | `100.0`          | nad rozsahem → použije se hodnota     |
+| `"3.2 ng/mL"` | `3.2`          | jednotka se ignoruje                  |
+| `None` / `""` | `NaN`          | prázdné nebo chybějící                |
+
+---
+
+## Barevné podmíněné formátování (sloupec VYSL)
+
+Barva se odvíjí od sloupce `RATIO` (`VYSL_NUM / NORMHOR_NUM`):
+
+| Barva       | Podmínka         | Význam                  |
+|-------------|------------------|-------------------------|
+| 🟢 Zelená   | `RATIO ≤ 0.80`   | V normě                 |
+| 🟡 Žlutá    | `0.80 < RATIO < 1.00` | Hraniční hodnota   |
+| 🔴 Červená  | `RATIO ≥ 1.00`   | Nad horní hranicí normy |
+
+---
+
+## Formátování Excel souboru
+
+- Automatická šířka sloupců (max. 50 znaků)
+- Tenké ohraničení všech buněk
+- Sloupce A, B, E zarovnány na střed
+- Zmražení prvního řádku (záhlaví)
+- Autofiltr na celý rozsah dat
+
+---
+
+## Závislosti (Python balíčky)
+
+```
+firebirdsql
+pandas
+numpy
+openpyxl
+```
+
+---
+
+## Rozdíl oproti `Reporter PSA.py`
+
+| Vlastnost              | `01 PSA.py` (tento)                        | `Reporter PSA.py`                        |
+|------------------------|--------------------------------------------|------------------------------------------|
+| Host / DB              | `localhost` / `c:\Medicus 3\data\MEDICUS.FDB` | `192.168.1.10` / `m:\Medicus\data\MEDICUS.FDB` |
+| Výstupní složka        | `u:\Dropbox\!!!Days\Downloads Z230`        | `z:\Dropbox\Ordinace\Reporty`            |
+| Okno pro VYKODOVANO    | ±7 dní                                     | ±7 dní                                   |
+| Sloupce MINULE / DALŠÍ | ✅ Ano                                      | ❌ Ne                                    |
+| Datumové omezení       | Žádné (celá databáze)                      | Žádné (celá databáze)                    |
+
+---
+
+*Poslední aktualizace dokumentace: 2026-04-08*

PSA/01 PSA.py

@@ -3,9 +3,9 @@ import pandas as pd
 
 # TCP to the Firebird 2.5 server. Use the DB path as seen by the *server* (Windows path).
 conn = fb.connect(
-    host="192.168.1.10",
+    host="localhost",
     port=3050,
-    database=r"m:\Medicus\data\MEDICUS.FDB",  # raw string for backslashes
+    database=r"c:\Medicus 3\data\MEDICUS.FDB",  # local test Medicus
     user="SYSDBA",
     password="masterkey",
     charset="WIN1250",  # adjust if needed
@@ -29,9 +29,6 @@ print(df)
 
 
 from datetime import datetime
-start = datetime(2025, 1, 1)
-end   = datetime(2026, 1, 1)
-
 sql = """
 SELECT
   /*vh.idvh,*/
@@ -43,13 +40,19 @@ SELECT
   /*vh.idhodn,*/
   /*vd.poradi,*/
   /*vd.idmetod,*/
-/* NEW: list of matching dokladd entries within ±7 days, one cell */
+  (
+    SELECT MAX(dd.datose)
+    FROM dokladd dd
+    WHERE dd.rodcis = kar.rodcis
+      AND dd.kod = '01130'
+      AND dd.datose < vh.datum
+  ) AS minule,
   (
     SELECT LIST(CAST(dd.datose AS VARCHAR(10)) || ' ' || dd.kod, ', ')
     FROM dokladd dd
     WHERE dd.rodcis = kar.rodcis
-      AND (dd.kod = '01130' or dd.kod = '01131' OR dd.kod = '01132' OR dd.kod = '01133' OR dd.kod = '01134')
+      AND (dd.kod = '01130' OR dd.kod = '01131' OR dd.kod = '01132' OR dd.kod = '01133' OR dd.kod = '01134')
-      AND dd.datose BETWEEN vh.datum - 365 AND vh.datum + 365
+      AND dd.datose BETWEEN vh.datum - 7 AND vh.datum + 7
   ) AS vykodovano,
    lm.kodtext,
   lm.nazev,
@@ -63,18 +66,68 @@ JOIN kar             ON kar.idpac = vh.idpacient
 JOIN labmetod lm     ON lm.idmetod = vd.idmetod
 JOIN labjedn lj      ON lj.idjedn = vd.idjedn
 JOIN labskaly ls     ON ls.idskaly = vd.idskaly
-WHERE vh.datum >= ?
+WHERE lm.nazev CONTAINING 'PSA'
-  AND vh.datum < ?
-  AND lm.nazev CONTAINING 'PSA'
 /*ORDER BY kar.idpac, vh.datum, vd.poradi;*/
 ORDER BY vh.datum desc;
 """
 
-df_direct = query_df(sql, (start, end))
+df_direct = query_df(sql)
 
 import re
 import numpy as np
 
+# --- MINULE: expand with ", další XXXXX" based on codes billed around that date ---
+df_dokladd = query_df("""
+    SELECT rodcis, datose, kod FROM dokladd
+    WHERE kod = '01131' OR kod = '01132' OR kod = '01133'
+""")
+df_dokladd['DATOSE'] = pd.to_datetime(df_dokladd['DATOSE'])
+
+def compute_minule_str(row):
+    minule = row['MINULE']
+    if minule is None or (isinstance(minule, float) and np.isnan(minule)):
+        return None
+    minule_ts = pd.Timestamp(minule)
+    rodcis = row['RODCIS']
+    mask = (
+        (df_dokladd['RODCIS'] == rodcis) &
+        (df_dokladd['DATOSE'] >= minule_ts - pd.Timedelta(days=7)) &
+        (df_dokladd['DATOSE'] <= minule_ts + pd.Timedelta(days=7))
+    )
+    codes = df_dokladd.loc[mask, 'KOD'].tolist()
+    if '01133' in codes:
+        dalsi_str = 'NIKDY'
+    elif '01131' in codes:
+        dalsi_str = (minule_ts + pd.DateOffset(years=4)).strftime('%Y-%m-%d')
+    elif '01132' in codes:
+        dalsi_str = (minule_ts + pd.DateOffset(years=2)).strftime('%Y-%m-%d')
+    else:
+        dalsi_str = ''
+    date_str = minule_ts.strftime('%Y-%m-%d')
+    return f"{date_str}, další {dalsi_str}" if dalsi_str else date_str
+
+df_direct['MINULE'] = df_direct.apply(compute_minule_str, axis=1)
+
+# --- DALŠÍ: next PSA billing date based on codes in VYKODOVANO ---
+def compute_dalsi(row):
+    vykod = str(row['VYKODOVANO'] or '')
+    datum = row['DATUM']
+    if '01133' in vykod:
+        return 'NIKDY'
+    if '01131' in vykod:
+        return (pd.Timestamp(datum) + pd.DateOffset(years=4)).strftime('%Y-%m-%d')
+    if '01132' in vykod:
+        return (pd.Timestamp(datum) + pd.DateOffset(years=2)).strftime('%Y-%m-%d')
+    return None
+
+df_direct['DALŠÍ'] = df_direct.apply(compute_dalsi, axis=1)
+
+# Reorder: DALŠÍ immediately after VYKODOVANO
+cols = list(df_direct.columns)
+cols.remove('DALŠÍ')
+cols.insert(cols.index('VYKODOVANO') + 1, 'DALŠÍ')
+df_direct = df_direct[cols]
+
 # --- 0) Helper: parse numeric value from string like "5,6", "<0.1", "3.2 mmol/L" ---
 num_re = re.compile(r'[-+]?\d+(?:[.,]\d+)?(?:[eE][-+]?\d+)?')
 
@@ -120,7 +173,7 @@ from openpyxl.styles import PatternFill
 from openpyxl.formatting.rule import FormulaRule
 
 
-base_path = Path(r"z:\Dropbox\Ordinace\Reporty")
+base_path = Path(r"u:\Dropbox\!!!Days\Downloads Z230")
 base_path.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
 
 # ================= DELETE OLD PSA REPORTS ==================