Files

T

Vladimir Buzalka adb84523cd Přidán podprojekt Recepty (eRecept SÚKL)

Co-Authored-By: Claude Sonnet 4.6 <noreply@anthropic.com>

2026-04-19 07:06:17 +02:00

18 KiB

Raw Permalink Blame History

Lékový záznam eRecept → MySQL

Pipeline pro hromadné stažení lékových záznamů všech registrovaných pacientů z eRecept SÚKL API a jejich uložení do relační databáze MySQL.

Soubory

Soubor	Co dělá
`05UlozitOdpoved.py`	Stáhne XML pro jednoho pacienta (ruční test/ladění)
`06UlozitDoMySQL.py`	DDL schématu, parsování XML, import do MySQL — používá se jako knihovna, ne spouštět přímo!
`07StahnoutVsechny.py`	Hlavní skript — načte pacienty z Medicusu, stáhne lékové záznamy, uloží XML i DB záznamy
`reimport_z_xml.py`	Reimport XML ze zálohy bez volání API — viz sekce níže

recept/
├── setup.ps1                      ← vytvoří .venv, nainstaluje závislosti, Playwright chromium
├── requirements.txt               ← seznam Python závislostí
├── .venv/                         ← virtuální prostředí (Python 3.x)
│
├── LékovýZáznamWithClaude/
│   ├── 05UlozitOdpoved.py
│   ├── 06UlozitDoMySQL.py
│   ├── 07StahnoutVsechny.py
│   ├── reimport_z_xml.py
│   ├── LEKOVY_ZAZNAM_DB.md        ← tento soubor
│   ├── Logs/                      ← log každého běhu (UTF-8, YYYY-MM-DD_HH-MM-SS.log)
│   ├── Tests/                     ← starší vývojové skripty
│   └── xml_archive/               ← archiv XML odpovědí (YYYY-MM-DD/Prijmeni_Jmena_datnar.xml)
│
└── Dotazy/
    ├── prehled_pacienta.py        ← konzolový přehled pacienta
    ├── prehled_pacienta_excel.py  ← export přehledu pacienta do Excelu
    └── DOTAZY.md                  ← dokumentace dotazovacích skriptů

⚠️ NIKDY nespouštět 06UlozitDoMySQL.py přímo — zavolá vytvor_schema(), která provede DROP TABLE a smaže celou databázi. Pro import dat vždy použít 07StahnoutVsechny.py nebo reimport_z_xml.py.

Nastavení prostředí (jednorázově)

# PowerShell — spustit jednou po naklonování projektu
cd U:\recept
.\setup.ps1

setup.ps1 provede:

Vytvoří .venv s Python interpretem z C:\Python\python.exe
Nainstaluje všechny závislosti z requirements.txt
Nainstaluje Playwright Chromium (pro případné automatizace)

Po nastavení aktivace:

.venv\Scripts\Activate.ps1

requirements.txt

requests
requests-pkcs12
pymysql
fdb
zeep
mysql-connector-python
playwright
openpyxl

Typické spuštění

# Hromadné stažení všech registrovaných pacientů
python 07StahnoutVsechny.py

# Pouze vybraná příjmení (testování / rodina)
python 07StahnoutVsechny.py --prijmeni Buzalka,Buzalková,Kusinová

# Dávkování po částech
python 07StahnoutVsechny.py --offset 100 --limit 50

# Reimport ze zálohy XML (bez volání API) — viz níže
python reimport_z_xml.py

Autentizace (eRecept SÚKL, ostrý provoz)

Parametr	Hodnota
Endpoint	`https://lekar-soap.erecept.sukl.cz/cuer/Lekar2`
mTLS certifikát	`AMBSUKL214235369G_31DEC2024.pfx` (platnost do 31. 12. 2026)
HTTP Basic user	UUID lékaře `e08c89c6-2b1a-4eba-8ed9-4e3e63618379`
SOAP operace	`NacistLekovyZaznam`
XML namespace	`http://www.sukl.cz/erp/201912`
Verze zprávy	`202501A`

Certifikát = identifikace ordinace, UUID+heslo = identifikace lékaře jako osoby.

Zdroj pacientů — Medicus (Firebird)

Pacienti se načítají přímo z medicus.fdb jako registrovaní pacienti ordinace:

DSN:     localhost:c:\medicus 3\data\medicus.fdb
User:    SYSDBA / masterkey
Charset: win1250
IČP:     09305001  (odbornost 001 — praktický lékař)

Podmínky registrace: vyrazen = 'N', registr.priznak IN ('V','D','A'), registrace platná k dnešnímu datu.

Logika přírůstkového stahování

první stažení pacienta  →  PocetMesicu = 60 (maximum, 5 let)
opakované stažení       →  ceil(dny od posledního stažení / 30) + 1

Překryv 1 měsíce zajistí, že nepřijdeme o nic na hranici období.
INSERT IGNORE na id_lp_predpis / id_lp_vydej zabrání duplikátům.
Pauza mezi voláními API: náhodně 10–20 sekund.

Ošetření chyb API

Pacienti, kteří nejsou v eReceptu ztotožněni (nikdy nebyli v lékárně s e-receptem), vrátí SOAP Fault Z002. Skript:

Zachytí chybu (HTTP 500 nebo SOAP Fault v těle odpovědi)
Uloží text chyby do pacient.poznamka
Pokračuje dalším pacientem

Při příštím úspěšném stažení se poznamka automaticky vymaže.

-- přehled pacientů s chybou
SELECT prijmeni, jmena, datum_narozeni, poznamka
FROM pacient
WHERE poznamka IS NOT NULL;

XML archiv

Každá odpověď API se uloží jako soubor:

xml_archive/YYYY-MM-DD/Prijmeni_Jmena_YYYY-MM-DD.xml

Cesta je zároveň uložena v zprava.xml_soubor.
Účel: možnost re-parsování při budoucích změnách schématu bez nutnosti znovu volat API.

Výstup do konzole a logů

Konzole zobrazuje jen jeden řádek na pacienta:

[   1/1621] Abohamda Horia             OK     168p   252v   247 KB
[   5/1621] Alakbarov Farid            CHYBA  Z002 - Lekovy zaznam ne...

Kompletní detaily (počty nových záznamů, ID zprávy, doba čekání) jsou v:

Logs/YYYY-MM-DD_HH-MM-SS.log

Databázové schéma — `medicus` (MySQL)

Všechny délky a datové typy jsou přesně dle XSD, ne odhady. Lék je denormalizován přímo do řádku předpisu/výdeje.

Relační diagram

pacient (1)
  └── zprava (N)          -- každé volání API = 1 zpráva
        ├── predpis (N)
        │     └── predpis_slozka (N)   -- složky IPLP z předpisu
        └── vydej (N)
              └── vydej_slozka (N)     -- složky IPLP z výdeje

vydej.id_lp_predpis → predpis.id_lp_predpis   (párování výdeje s předpisem)
predpis.kod_predepisujiciho → predepisujici.lekar_kod
vydej.kod_vydavajiciho      → vydavajici.lekarnik_kod

Tabulka `pacient`

Zrcadlo registrovaných pacientů z Medicusu. Aktualizuje se při každém běhu 07.

Sloupec	Typ	Poznámka
`id`	INT PK
`idpac`	INT UNIQUE	IDPAC z tabulky KAR v Medicusu
`prijmeni`	VARCHAR(35)
`jmena`	VARCHAR(24)
`datum_narozeni`	DATE
`aktivni`	TINYINT(1)	0 = přeskočit při hromadném běhu
`poznamka`	VARCHAR(500)	poslední chyba API; NULL = OK

Tabulka `zprava`

Jeden řádek = jedno volání API (jeden pacient, jeden čas).

Sloupec	Typ	Poznámka
`id_zpravy`	CHAR(36) UNIQUE	UUID z eReceptu
`pacient_id`	INT FK → pacient
`verze`	VARCHAR(20)	verze zprávy (202501A)
`odeslano`	DATETIME	čas odeslání dotazu
`aplikace`	VARCHAR(512)	SW SÚKL serveru
`id_podani`	CHAR(36)	UUID podání
`prijato`	DATETIME	čas přijetí odpovědi
`pacient_prijmeni`	VARCHAR(35)	z XML odpovědi
`pacient_jmena`	VARCHAR(24)	z XML odpovědi
`pacient_datum_narozeni`	DATE	z XML odpovědi
`xml_soubor`	VARCHAR(255)	relativní cesta k archivu
`stazeno`	DATETIME	automaticky při INSERT

Tabulka `predpis`

Dle lz_nacteni_predepsany_lp_erp_type.

Sloupec	Typ	NOT NULL	Poznámka
`id_lp_predpis`	CHAR(36) UNIQUE	✓	UUID z eReceptu
`zprava_id`	INT FK	✓
`kod_predepisujiciho`	VARCHAR(36)	✓	UUID lékaře
`datum_vystaveni`	DATE	✓
`mnozstvi`	SMALLINT	✓	1–9999
`navod`	VARCHAR(80)	✓
`opakovani`	INT
`modry_pruh`	TINYINT(1)		návykové látky
`typ_leku`	ENUM		HVLPReg / HVLPNereg / IPLP / INN
`lek_kod`	CHAR(7)		kód SÚKL (jen HVLP)
`atc`	VARCHAR(7)		ATC kód
`nazev`	VARCHAR(200)
`forma`	VARCHAR(27)
`sila`	VARCHAR(24)
`cesta_podani`	VARCHAR(15)		POR, INH, …
`baleni`	VARCHAR(22)		string, např. "100 ks"
`postup_pripravy`	VARCHAR(4000)		receptura IPLP

Tabulka `predpis_slozka`

Složky IPLP předpisů (lékař typicky nevyplňuje, kvalitní data spíše u výdeje).

Sloupec	Typ	NOT NULL
`predpis_id`	INT FK	✓
`mnozstvi`	DECIMAL(15,6)	✓
`jednotka`	ENUM('g','ks')	✓
`nazev`	VARCHAR(200)	✓
`surovina`	CHAR(7)
`hvlp_reg`	CHAR(7)

Tabulka `vydej`

Dle lz_nacteni_vydany_lp_erp_type.

Sloupec	Typ	NOT NULL	Poznámka
`id_lp_vydej`	CHAR(36) UNIQUE	✓	UUID výdeje
`zprava_id`	INT FK	✓
`id_lp_predpis`	CHAR(36) FK		NULL = výdej bez e-předpisu
`kod_vydavajiciho`	VARCHAR(36)	✓	UUID lékárníka
`datum_vydeje`	DATE	✓
`mnozstvi`	DECIMAL(6,2)	✓	desetinné — např. 0.5 balení
`navod`	VARCHAR(80)	✓
`exspirace`	DATE		exspirace šarže
`sarze`	VARCHAR(50)	✓
`seriove_cislo`	VARCHAR(20)		léky s el. sledováním
`pozn`	VARCHAR(1000)		poznámka lékárníka
`typ_leku`	ENUM		HVLPReg / HVLPNereg / IPLP
`lek_kod`	CHAR(7)		kód SÚKL nebo KodVZP (IPLP)
`atc`	VARCHAR(7)		jen HVLP
`nazev`	VARCHAR(146)
`forma`	VARCHAR(27)
`sila`	VARCHAR(24)
`cesta_podani`	VARCHAR(15)
`postup_pripravy`	VARCHAR(4000)		receptura IPLP

Tabulka `vydej_slozka`

Jako predpis_slozka, navíc hrazeno_zp. Data lékáren — kvalita závisí na lékárně.

Sloupec	Typ	NOT NULL	Poznámka
`vydej_id`	INT FK	✓
`mnozstvi`	DECIMAL(15,6)	✓
`jednotka`	ENUM('g','ks')	✓
`nazev`	VARCHAR(200)	✓
`hrazeno_zp`	DECIMAL(9,2)		částka hrazená ZP
`surovina`	CHAR(7)
`hvlp_reg`	CHAR(7)

Tabulka `predepisujici`

Lékaři, kteří pacientovi předepisovali (ze všech ordinací).

Sloupec	Typ	Poznámka
`lekar_kod`	CHAR(36) UNIQUE	UUID lékaře = predpis.kod_predepisujiciho
`prijmeni`	VARCHAR(35)
`jmena`	VARCHAR(24)
`icz`	CHAR(8)	IČZ zdravotnického zařízení
`icp`	CHAR(8)	IČP pracoviště — poslední 3 číslice = kód odbornosti (001 = prakt. lékař, 272 = alergologie…)
`pzs_nazev`	VARCHAR(200)	název zdravotnického zařízení
`ulice`	VARCHAR(150)
`mesto`	VARCHAR(100)
`psc`	CHAR(5)
`telefon`	VARCHAR(20)

Tabulka `vydavajici`

Lékárníci / lékárny, kde byl výdej.

Sloupec	Typ	Poznámka
`lekarnik_kod`	CHAR(36) UNIQUE	UUID lékárníka = vydej.kod_vydavajiciho
`prijmeni`	VARCHAR(35)
`jmena`	VARCHAR(24)
`pzs_nazev`	VARCHAR(200)	název lékárny
`ulice`	VARCHAR(150)
`mesto`	VARCHAR(100)
`psc`	CHAR(5)
`telefon`	VARCHAR(20)

Typy léků v Predpis i Vydej

Každý předpis / výdej obsahuje právě jeden z těchto elementů:

Typ	Popis	Klíčová pole
`HVLPReg`	Registrovaný hromadně vyráběný LP	Kod (SÚKL), ATC, Nazev, Forma, Sila, Baleni
`HVLPNereg`	Neregistrovaný HVLP	stejná struktura jako HVLPReg
`IPLP`	Individuálně připravovaný LP (magistraliter)	Nazev, PostupPripravy, Slozka[]
`INN`	Předpis účinnou látkou (genericky)	Nazev, Forma, Sila, Baleni

IPLP — dvojí uložení receptury

Předpis: lékař zadal recepturu jako volný text v PostupPripravy. Složky typicky nevyplněny.
Výdej: lékárna zaznamenala strukturované složky (Slozka s množstvím, jednotkou, názvem suroviny). Kvalita dat závisí na lékárně.

Užitečné analytické dotazy

-- nejčastěji předepisované ATC skupiny za posledních 12 měsíců
SELECT atc, nazev, COUNT(*) AS pocet, MAX(datum_vystaveni) AS naposledy
FROM predpis
WHERE datum_vystaveni >= DATE_SUB(CURDATE(), INTERVAL 12 MONTH)
GROUP BY atc, nazev
ORDER BY pocet DESC;

-- co bylo předepsáno ale nevyzvednuto (non-compliance)
SELECT pac.prijmeni, pac.jmena, p.datum_vystaveni, p.nazev, p.atc, p.navod
FROM predpis p
JOIN zprava z   ON z.id = p.zprava_id
JOIN pacient pac ON pac.id = z.pacient_id
LEFT JOIN vydej v ON v.id_lp_predpis = p.id_lp_predpis
WHERE v.id_lp_vydej IS NULL
ORDER BY p.datum_vystaveni DESC;

-- lékový záznam konkrétního pacienta (předpisy + výdeje)
SELECT p.datum_vystaveni, p.typ_leku, p.nazev, p.atc, p.navod,
       v.datum_vydeje, v.mnozstvi AS vydano
FROM pacient pac
JOIN zprava z   ON z.pacient_id = pac.id
JOIN predpis p  ON p.zprava_id  = z.id
LEFT JOIN vydej v ON v.id_lp_predpis = p.id_lp_predpis
WHERE pac.prijmeni = 'Buzalka' AND pac.jmena = 'Vladimír'
ORDER BY p.datum_vystaveni DESC;

-- IPLP magistraliter — kompletní receptury s frekvencí (napříč pacienty)
SELECT p.nazev, p.postup_pripravy, COUNT(*) AS pocet_predpisu
FROM predpis p
WHERE p.typ_leku = 'IPLP'
GROUP BY p.nazev, p.postup_pripravy
ORDER BY pocet_predpisu DESC;

-- nejčastěji používané suroviny v magistrech
SELECT nazev, jednotka, COUNT(*) AS pocet
FROM vydej_slozka
GROUP BY nazev, jednotka
ORDER BY pocet DESC;

-- generická záměna: co předepsal lékař vs. co lékárna vydala
SELECT pac.prijmeni, pac.jmena,
       p.datum_vystaveni, p.nazev AS predepsano, p.atc,
       v.nazev AS vydano, v.datum_vydeje
FROM pacient pac
JOIN zprava z   ON z.pacient_id = pac.id
JOIN predpis p  ON p.zprava_id  = z.id
JOIN vydej v    ON v.id_lp_predpis = p.id_lp_predpis
WHERE p.nazev <> v.nazev;

-- pacienti s chybou API (neztotožněni)
SELECT prijmeni, jmena, datum_narozeni, poznamka
FROM pacient
WHERE poznamka IS NOT NULL
ORDER BY prijmeni;

-- lékaři dle odbornosti — kolik předpisů pochází od které speciality
SELECT RIGHT(pr.icp, 3) AS odb_kod, COUNT(*) AS pocet_predpisu
FROM predpis p
JOIN predepisujici pr ON pr.lekar_kod = p.kod_predepisujiciho
WHERE pr.icp IS NOT NULL
GROUP BY RIGHT(pr.icp, 3)
ORDER BY pocet_predpisu DESC;

-- lékový záznam pacienta dle rodného čísla (přes Firebird → MySQL)
-- krok 1: z Medicusu zjistit příjmení a datum narozeni pro RC 7309208104
-- krok 2:
SELECT pac.prijmeni, pac.jmena, pac.datum_narozeni,
       p.datum_vystaveni,
       COALESCE(v.nazev, p.nazev) AS vydany_lek,
       v.nazev IS NULL            AS nevyzvednuto,
       p.atc, p.navod,
       pr.prijmeni AS lekar, RIGHT(pr.icp, 3) AS odb_kod
FROM pacient pac
JOIN zprava z   ON z.pacient_id = pac.id
JOIN predpis p  ON p.zprava_id  = z.id
JOIN predepisujici pr ON pr.lekar_kod = p.kod_predepisujiciho
LEFT JOIN vydej v ON v.id_lp_predpis = p.id_lp_predpis
WHERE pac.prijmeni = 'Buzalka' AND pac.datum_narozeni = '1973-09-20'
ORDER BY p.datum_vystaveni DESC;

Reimport ze zálohy XML (`reimport_z_xml.py`)

Slouží k opětovnému naplnění MySQL databáze z lokálních XML souborů bez volání eRecept API.
Použití: obnova po neúmyslném smazání databáze, migrace na nový server, re-parsování při změně schématu.

Jak funguje

Načte všechny registrované pacienty z Firebirdu (ICP 09305001, odbornost 001)
Pro každý XML soubor v archivu:
- Naparsuje XML (volá parsuj_xml() z 06UlozitDoMySQL.py)
- Dohledá pacienta v Firebirdu dle příjmení + data narození z XML
- Pokud je registrovaný → upsert pacienta do MySQL (INSERT ON DUPLICATE KEY UPDATE)
- Zavolá uloz() — INSERT IGNORE, takže duplicity se ignorují
Výpis průběhu: [ 1/1177] Buzalka_Vladimir_1973-09-20.xml OK 12p 18v

Spuštění

# Výchozí adresář: xml_archive/2026-04-11
python reimport_z_xml.py

# Konkrétní podadresář
python reimport_z_xml.py xml_archive/2026-04-11

# Celý archiv rekurzivně (všechna data)
python reimport_z_xml.py xml_archive

Konfigurace v souboru

XML_ADRESAR = Path(__file__).parent / "xml_archive" / "2026-04-11"  # výchozí adresář
ICP = "09305001"   # IČP ordinace pro filtr registrovaných pacientů
ODB = "001"        # odbornost (001 = praktický lékař)

Poznámky

Pacienti, kteří nejsou v Firebirdu registrováni pod daným ICP/ODB, se přeskočí (pokud ale existují v MySQL z předchozího importu, data se aktualizují)
Firebird slouží jako autoritativní zdroj identit — idpac z KAR se propíše do MySQL pacient.idpac
INSERT IGNORE zajistí idempotentnost — opakované spuštění nepřidá duplikáty

Dotazovací skripty (`Dotazy/`)

Viz samostatnou dokumentaci: Dotazy/DOTAZY.md

Stručný přehled:

Skript	Co dělá
`prehled_pacienta.py`	Konzolový výpis lékového záznamu pacienta (lékaři + předpisy)
`prehled_pacienta_excel.py`	Totéž, ale exportuje do formátovaného souboru Excel (.xlsx)

Pacient se identifikuje rodným číslem (nastavení RODNE_CISLO v záhlaví skriptu).
Oba skripty zobrazují vydaný lék (ne předepsaný), odbornost lékaře a příznak *NV pro nevyzvednuto.

Závislosti (Python)

requests
requests-pkcs12
pymysql
fdb
zeep
mysql-connector-python
playwright
openpyxl

# Instalace (nebo použít setup.ps1)
pip install requests requests-pkcs12 pymysql fdb openpyxl

XSD zdroje

Schéma verze 202501A, soubory v Dokumentace/2025-04-24/WSDL_XSD/NEPRIORITNI_WEBOVE_SLUZBY/:

Soubor	Obsah
`Cuer2Schema.xsd`	`NacistLekovyZaznamOdpoved`, `lz_nacteni_predepsany_lp_erp_type`, `lz_nacteni_vydany_lp_erp_type`, `slozka_iplp_*`
`CuerSchema.xsd`	`hvlp_type`, `zprava_odpoved_type`, `zprava_type`, `jmeno_osoby_type`, `jednotka`

18 KiB Raw Permalink Blame History Unescape Escape