administrator/medicus

Fork 0

Files

Vladimir Buzalka 1d9c6cca48 notebook vb

2026-03-20 18:03:44 +01:00

16 KiB

Raw Permalink Blame History

MedicusWithClaude – poznámky pro Clauda

Stav projektu

Zahájeno: 2026-03-13
Cíl: průzkum Firebird DB Medicus → analýzy a reporty
Zatím: úspěšně čteme i zapisujeme do DB, rozumíme RTF formátu
2026-03-17: Obnovena session – Claude si přečetl poznámky, připraven pokračovat
2026-03-18: Obnovena session – Claude si přečetl poznámky, připraven pokračovat. Průběžně zapisuje do tohoto souboru.
2026-03-20: Obnovena session – merge logika z test_import_single.py integrována do s03soubory.py. Import pipeline kompletní.

Bezpečnost

Pracujeme na místní kopii – poškození DB nevadí, obnova = 5 minut
Lze bez obav experimentovat, zapisovat testovací data atd.
Testovací záznamy nemusíme mazat

Připojení k DB

import fdb
conn = fdb.connect(
    dsn=r'localhost:c:\medicus 3\data\medicus.fdb',
    user='SYSDBA',
    password='masterkey',
    charset='win1250'
)

fdb verze 2.0.4, Python na PATH (prostý python příkaz)
Firebird instalace: C:\Program Files\Firebird\Firebird_2_5_CGM\bin\
Jedná se o HQbird (IBSurgeon enhanced Firebird) – port 3070 (ne standardní 3050)
fbtracemgr trace nefungoval spolehlivě – doporučeno použít FBScanner (stejný výrobce)

O Medicusu

Lékařský software pro praktického lékaře
Vyvíjen od ~roku 2000, organicky rostl přidáváním funkcí
Firebird 2.5 – nikdy nepřejdou na nový (desetitisíce instalací, 993 tabulek)
Žádné zabezpečení DB – vše čitelné přes SYSDBA/masterkey
Charset: win1250

DB fakta

993 tabulek celkem
Charset: win1250

Klíčové tabulky

KAR – Kartotéka (základní kámen Medicusu)

6319 pacientů – všichni kdo kdy prošli ordinací
Primární klíč: IDPAC (interní ID, používá se jako FK v ostatních tabulkách)
Identifikace pacienta v ČR/pojišťovna: RODCIS (rodné číslo, bez lomítka, např. 7309208104)
PRIJMENI, JMENO, TITUL, TITULZA, DATNAR, POHLAVI
POJ – pojišťovna (3 znaky, např. 111 = VZP)
Adresy: TRV* (trvalé), PRE* (přechodné)
VYRAZEN – příznak vyřazeného pacienta
HLAVDGN – hlavní diagnóza

DEKURS – záznamy z návštěv

172 068 záznamů
IDPAC → vazba na KAR
DATUM (date), CAS (time) – kdy
DEKURS – text záznamu (BLOB, RTF nebo holý text)
DGN1 – hlavní diagnóza (5 znaků, např. 'Z000 '), VDGN1-4 – vedlejší
IDPRAC – který pracovník
IDODD, IDUZI – oddělení/uživatel (u Buzalky = 2, 2, 6)
IDSKUPINA, IDTYP – volitelné (NULL OK)

Základní schéma

KAR (kartotéka) ←IDPAC→ DEKURS (záznamy z návštěv)

Testovací pacient (uživatel)

IDPAC = 9742 – Buzalka Vladimír, RC 7309208104, nar. 20.9.1973
IDODD=2, IDPRAC=2, IDUZI=6 (použít při INSERT do DEKURS)

RTF formát v DEKURS

Základní struktura

{\rtf1\ansi\ansicpg1250\uc1\deff0\deflang1029
  {\info{\bookmarks "popis","Typ:ID",číslo}}   ← metadata Medicusu
  {\fonttbl{\f0\fnil\fcharset238 Arial;}{\f2...Courier New;}{\f5...Symbol;}}
  {\colortbl ;\red0\green0\blue255;\red255\green255\blue0;\red0\green128\blue0;\red192\green192\blue192;}
  {\stylesheet{styly...}}
\uc1\pard\s10\plain...  ← tělo záznamu
}

Barvy (\cfX)

\cf1 = modrá (odkazy)
\cf2 = žlutá (highlight)
\cf3 = zelená
\cf4 = šedá (pozadí buněk tabulky \clcbpat4)

Velikost písma (\fsXX = XX/2 bodů)

\fs18 = 9pt (tabulky)
\fs20 = 10pt (normální)
\fs24 = 12pt atd.

Řezy a formátování

\b = tučné, \i = kurzíva, \ul = podtržené
\ql = vlevo, \qr = vpravo, \qc = střed

Styly (stylesheet)

cs15/cs16 = Normální
cs20 = Vkládaný text
cs21 = Záhlaví (italic)
cs22/cs23 = Odkaz (underline, modrá)
s8/s10 = Vlevo (paragraph styl)

Záložky (bookmarks v {\info})

Klikatelné odkazy v Medicusu
Formát: "popis","Typ:ID",číslo
Typy: Files:ID, MEDLAB:ID, Lab:ID, Ock:ID, VykA:ID

České znaky

RTF hex escape v win1250: \'e1=á, \'9e=ž, \'fd=ý atd.

Tabulky

Plně funkční RTF tabulky (\trowd, \cell, \cellx...)
Používají se např. pro laboratorní výsledky (viz ID=243082, 50KB)

Holý text (starší záznamy)

Některé starší záznamy jsou prostý text bez RTF obálky
Nutno detekovat: začíná na {\\rtf = RTF, jinak plain text

Příklad minimálního RTF záznamu

{\rtf1\ansi\ansicpg1250\uc1\deff0\deflang1029
{\fonttbl{\f0\fnil\fcharset238 Arial;}}
{\colortbl ;\red0\green0\blue255;\red0\green128\blue0;\red0\green0\blue0;}
\pard\plain\f0\fs20 Text záznamu zde\par
}

INSERT do DEKURS – ověřený postup

import fdb, datetime

conn = fdb.connect(...)
cur = conn.cursor()

cur.execute('SELECT MAX(ID) FROM DEKURS')
next_id = cur.fetchone()[0] + 1

text = r'{\rtf1\ansi\ansicpg1250...\par' + '\n}'  # raw string pro RTF!

cur.execute("""
    INSERT INTO DEKURS (ID, IDPAC, IDODD, IDPRAC, IDUZI, DATUM, CAS, DEKURS, DGN1)
    VALUES (?, ?, 2, 2, 6, ?, ?, ?, ?)
""", (next_id, idpac, datum, cas, text, dgn1))

conn.commit()

RTF string musí být raw string (r'...') kvůli zpětným lomítkům
DGN1 = 5 znaků s mezerou: 'Z000 '
DATUM = datetime.date(...), CAS = datetime.time(...)

Soubory v projektu

explore_db.py – výpis všech tabulek a jejich sloupců
inspect_table.py – detailní info o konkrétní tabulce (arg: název tabulky)
sample_dekurs.py – ukázky nejstarších a nejnovějších záznamů
sample_dekurs2.py – celý text jednoho záznamu
sample_rtf.py – nejdelší záznamy pacienta (dle délky RTF)
analyze_rtf.py – analýza RTF tagů v záznamu
insert_test.py – testovací INSERT do DEKURS
CLAUDE_NOTES.md – tento soubor

Export FILES do externích DB (zjištěno 2026-03-17 přes FBScanner)

Mechanismus přesunu

Medicus vytváří měsíční externí Firebird databáze ve formátu MEDICUS_FILES_YYYYMM.fdb.

Postup exportu:

SELECT dat z FILES po 10 záznamech: select first 10 ID, BODY, DATUM from FILES where ID > X ORDER BY ID ASC
Binární data (skeny) se zapíší do externího .fdb souboru
V hlavní DB se BODY přepíše referenčním číslem (ID v externím souboru): update FILES set BODY = 379 where ID = 10009
Do EXTERNI_DB se zapíše lokace: insert into EXTERNI_DB (DBNAME, SERVER, PATH, HESLO) values ('DB202501', 'localhost/3053', 'u:\MEDICUS_FILES_202501.fdb', '<encrypted>')

Výsledek

Hlavní DB: FILES.BODY obsahuje jen malé číslo (referenci) místo MB blobu
Skenované soubory jsou fyzicky v u:\MEDICUS_FILES_YYYYMM.fdb
Medicus načítá soubory přes EXTERNI_DB tabulku (SERVER + PATH + HESLO)
Hesla v EXTERNI_DB jsou šifrovaná (base64 AES)

FBScanner

Nainstalován, funguje jako proxy: Medicus → [3050] FBScanner → [3053] Firebird
Community Edition 2.5 – stačí pro monitoring
Export proveden na záloze (ne produkční DB)

Přímý zápis do externí DB – dokončeno (2026-03-17)

Nový soubor: `funkce_ext.py`

Náhrada za funkce.zapis_file(). Ukládá PDF přímo do měsíční externí FDB místo do hlavní medicus.fdb.

Funkce: zapis_file_ext(vstupconnection, idpac, cesta, souborname, prvnizavorka, soubordate, souborfiledate, poznamka, ext_base_path=r'u:\\')

Parametry shodné s funkce.zapis_file() → jen prohodit import
Vrací fileid stejně jako původní funkce

Co dělá:

Z soubordate odvodí YYYYMM → DBNAME = 'DB202603'
Načte PDF jako bytes
Vyhledá EXTERNI_DB pro daný měsíc:
- Nalezeno → připojí se k existující FDB (masterkey)
- Nenalezeno → vytvoří novou MEDICUS_FILES_YYYYMM.fdb, zaregistruje do EXTERNI_DB
Vygeneruje UID = uuid.uuid4().hex (32 znaků)
Zapíše do DATA tabulky: UID, DATA (blob), DATASIZE, CHUNK=0
Sestaví 48bajtovou BODY referenci
Získá fileid z Gen_Files
Vloží do FILES s BODY = reference (ne blob)

Úprava `s03soubory.py`

Přidán import funkce_ext
Volání funkce.zapis_file(...) nahrazeno funkce_ext.zapis_file_ext(...)

BODY reference – binární formát (48 B)

magic      4 B  = b'\xee\xbb\xaa\x0b'
uid       32 B  = UUID4 hex (ASCII, 32 znaků)
dblen      4 B  = len(DBNAME) jako little-endian uint32
dbname     N B  = DBNAME ASCII (typicky 'DB202603', 8 B)

Celkem typicky: 4 + 32 + 4 + 8 = 48 bajtů

Struktura DATA tabulky (externe DB)

UID      VARCHAR(32) NOT NULL
DATA     BLOB SUB_TYPE 0
DATASIZE INTEGER
CHUNK    INTEGER

Generator: GEN_UID (Medicus ho asi nepoužívá přímo, UID je UUID string)

EXTERNI_DB tabulka (hlavní DB)

DBNAME   např. 'DB202603'
SERVER   např. 'localhost/3053'  (FBScanner proxy)
PATH     např. 'u:\MEDICUS_FILES_202603.fdb'
HESLO    šifrované heslo (Medicus AES) – zkopírujeme z existující položky

Při vytváření nové DB: HESLO zkopírujeme z libovolné existující EXTERNI_DB položky (všechny používají masterkey, jen jinak zašifrované – ale stejný klíč).

Poznámka k HESLO šifrování

Hesla v EXTERNI_DB jsou šifrovaná Medicusem. Při vytváření nové DB proto zkopírujeme HESLO z existující položky (stejné heslo = stejný šifrovaný text). Medicus pak dokáže novou DB otevřít standardně. Pokud by to nefungovalo, lze heslo zadat manuálně přes správce Medicusu.

Stav 2026-03-18 – nastudováno po obnově session

Co bylo dokončeno (včera večer)

funkce_ext.zapis_file_ext() je otestována a funkční
s03soubory.py volá zapis_file_ext místo původní funkce.zapis_file
Celý import pipeline funguje end-to-end

Celý import pipeline (s03soubory.py)

Scanuje složku u:\NextcloudOrdinace\Dokumentace_ke_zpracování
Ověří formát názvu souboru: RC YYYY-MM-DD Jmeno, Jmeno. [prvnizavorka] [druhazavorka].pdf
Ověří rodné číslo v KAR tabulce
Seskupí soubory podle RC (jeden pacient = jeden dekurs)
Pro každý PDF zavolá funkce_ext.zapis_file_ext() → zapíše do externí DB
Přesune soubor do u:\NextcloudOrdinace\Dokumentace_zpracovaná
Sestaví RTF se záložkami (klikatelné odkazy na soubory v Medicusu)
Zapíše dekurs do DEKURS tabulky

Klíčové soubory

funkce_ext.py – zápis PDF do měsíční externí FDB (náhrada za funkce.zapis_file)
funkce.py – původní funkce (zapis_file, zapis_dekurs, get_files_id, get_idpac, convert_to1250)
s03soubory.py – hlavní import script (spouštět na Windows)
s04_presun_externi_db.py – utility: přesun ext DB souborů do u:\externi\ a update PATH v EXTERNI_DB
test_ext_db4.py – ověření BODY bajty z FILES tabulky (hex dump)

Formát názvu souboru pro import

RC YYYY-MM-DD Prijmeni, Jmeno. [prvnizavorka] [druhazavorka].pdf
např: 7309208104 2026-03-17 Buzalka, Vladimír. [EKG] [normální nález].pdf

Oprava RTF klikacích odkazů (2026-03-18)

Problém

s03soubory.py generoval RTF s \cs22 pro styl odkazu, ale Medicus vyžaduje \cs32. Druhý+ bookmark neměl link styling vůbec. poradi se nikdy neinkrementoval.

Zjištěno analýzou Medicusem vytvořeného DEKURS (ID=263480, AhojClaude.pdf)

Správný RTF formát klikacího odkazu:

{\*\cs32\f0\ul\fs20\cf1 Odkaz;}   ← stylesheet: cs32, NE cs22
\uc1\pard\s10\plain\cs20\f0\i\fs20 Přílohy: {\*\bkmkstart 0}\plain\cs32\f0\ul\fs20\cf1 TEXT{\*\bkmkend 0}\par

"Přílohy:" je inline s prvním odkazem na stejném \pard řádku
Každý další odkaz: \pard\s10{\*\bkmkstart N}\plain\cs32\f0\ul\fs20\cf1 TEXT{\*\bkmkend N}\par

Opraveno v s03soubory.py + test_import_3files.py

\cs22 → \cs32 v stylesheet i těle RTF
Header Vložené přílohy: je na samostatném \pard řádku (RTF: Vlo\'9een\'e9 p\'f8\'edlohy:)
Všechny bookmarky mají stejný formát: \pard\s10{\*\bkmkstart N}\plain\cs32\f0\ul\fs20\cf1 TEXT{\*\bkmkend N}\par
Přidáno poradi += 1 (bug: poradi se nikdy neinkrementoval)
Odstraněna proměnná prvnibookmark – již nepotřebná

RTF kódování českých znaků (win1250)

ž = \'9e, é = \'e9, ř = \'f8, í = \'ed, á = \'e1
"Vložené přílohy:" → Vlo\'9een\'e9 p\'f8\'edlohy:

Merge do existujícího dekurzu (2026-03-18)

Rozhodovací logika (3 případy)

Poslední dekurs pacienta je z dnešního dne A má Vložené přílohy: → přidat soubor DO existující sekce (pridat_do_sekce_prilohy)
Poslední dekurs je z dnešního dne, ale sekci nemá → prepend nové sekce na začátek (merge_rtf_prepend)
Poslední dekurs je z jiného dne / neexistuje → nový dekurs pro dnešek

Funkce: najdi_posledni_dekurs_dnes(conn, idpac, datum_vlozeni)

pridat_do_sekce_prilohy (přidání do existující sekce)

Spočítat "Files:" v {\info{\bookmarks}} = N → nový bkmkstart = N
Posunout všechny bkmkstart/bkmkend ≥ N o +1 (uvolnit index N)
Vložit nový \pard před \pard\s10\plain\cs15\f0\fs20 \par (konec sekce)
Vložit bookmark na pozici N do {\info{\bookmarks}}

merge_rtf_prepend (prepend nové sekce)

Posunout existující \bkmkstart N / \bkmkend N o počet nových souborů
Přidat naše bookmarky NA ZAČÁTEK {\info{\bookmarks ...}}
Vložit naše \pard tělo PŘED první \uc1\pard existujícího těla

Detekce sekce

Přítomnost: PRILOHY_HEADER = r"Vlo\'9een\'e9 p\'f8\'edlohy:" – hledáme v RTF
Konec sekce: PRILOHY_CLOSING = r'\pard\s10\plain\cs15\f0\fs20 \par'

Skripty

test_import_merge.py – 3 soubory → merge do dnešního dekurzu (bez sekce přílohy)
test_import_single.py – 1 soubor → merge DO existující sekce přílohy
test_import_3files.py – 3 soubory → vždy nový dekurs (bez merge logiky, starší)

Stav testování (2026-03-18)

test_import_3files.py ✅ ověřeno – klikací odkazy fungují, "Vložené přílohy:" správně
test_import_merge.py ✅ připraveno – merge 3 souborů do dnešního dekurzu (bez sekce)
test_import_single.py ✅ připraveno – přidání 1 souboru DO existující sekce přílohy

Stav s03soubory.py (2026-03-20) – KOMPLETNÍ ✅

Merge logika plně integrována z test_import_single.py
Přidány konstanty PRILOHY_HEADER, PRILOHY_CLOSING
Přidány funkce: najdi_posledni_dekurs_dnes(), ma_sekci_prilohy(), pridat_do_sekce_prilohy(), merge_rtf_prepend()
RTF šablona přesunuta do konstanty RTF_TEMPLATE
Odstraněn dead code: prvnibookmark, staré šablony, nepoužívané convert_to1250
pridat_do_sekce_prilohy() podporuje více souborů najednou (oproti test_import_single.py, kde byl jen 1)
idpac se bere z prvního záznamu skupiny (čistěji než z row po skončení loopu)

Rozhodovací logika s03soubory.py – 3 případy

Dnešní dekurs má sekci Vložené přílohy → soubory přidány dovnitř sekce (pridat_do_sekce_prilohy)
Dnešní dekurs nemá sekci příloh → nová sekce vložena na začátek (merge_rtf_prepend)
Žádný dnešní dekurs → nový záznam (INSERT)

Stav testovacích skriptů

test_import_3files.py ✅ ověřeno – klikací odkazy fungují
test_import_merge.py ✅ otestováno – merge 3 souborů (jen 2 případy, bez detekce sekce)
test_import_single.py ✅ otestováno – všechny 3 případy, základ pro s03soubory.py

Další postup (nápady)

Otestovat s03soubory.py na Windows se skutečnými soubory (všechny 3 případy)
Napsat rtf_to_text() pro extrakci čistého textu z dekurzů
Prozkoumat tabulky: LECH/LECD (léky?), POU (poukazy?), AMBULEKY (výkony?)
První report – domluvit s uživatelem co chce vidět

16 KiB Raw Permalink Blame History Unescape Escape