497 lines
19 KiB
Python
497 lines
19 KiB
Python
"""
|
|
Agent pro extrakci a pojmenování naskenovaných PDF lékařských zpráv.
|
|
- Claude Vision API — bez OCR, správná čeština s diakritikou
|
|
- Ověření pacienta proti Medicus (KAR), fuzzy matching RČ
|
|
- Interaktivní schválení / oprava názvu
|
|
- Few-shot learning z uložených korekcí
|
|
"""
|
|
|
|
import base64
|
|
import gc
|
|
import io
|
|
import json
|
|
import os
|
|
import re
|
|
import shutil
|
|
import sys
|
|
import time
|
|
from pathlib import Path
|
|
|
|
# Windows: nastav stdout/stderr na UTF-8
|
|
if sys.platform == "win32":
|
|
sys.stdout = io.TextIOWrapper(sys.stdout.buffer, encoding="utf-8", errors="replace")
|
|
sys.stderr = io.TextIOWrapper(sys.stderr.buffer, encoding="utf-8", errors="replace")
|
|
|
|
import anthropic
|
|
from pdf2image import convert_from_path
|
|
|
|
sys.path.insert(0, str(Path(__file__).parent.parent))
|
|
from Knihovny.najdi_dropbox import get_dropbox_root
|
|
from Knihovny.najdi_medicus import get_medicus_config
|
|
|
|
POPPLER_PATH = r"C:/Poppler/Library/bin"
|
|
CORRECTIONS_FILE = Path(__file__).parent / "corrections.json"
|
|
_DROPBOX = Path(get_dropbox_root())
|
|
TO_PROCESS = _DROPBOX / r"Ordinace\Dokumentace_ke_zpracování\Ricoh Fi-8040\KeZpracování"
|
|
PROCESSED = _DROPBOX / r"Ordinace\Dokumentace_ke_zpracování\Ricoh Fi-8040\Zpracováno"
|
|
DOKUMENTACE = _DROPBOX / r"Ordinace\Dokumentace_zpracovaná"
|
|
|
|
|
|
# ─── Konfigurace ──────────────────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def _load_env():
|
|
env_path = Path(__file__).parent.parent / ".env"
|
|
if env_path.exists():
|
|
for line in env_path.read_text(encoding="utf-8").splitlines():
|
|
line = line.strip()
|
|
if "=" in line and not line.startswith("#"):
|
|
k, v = line.split("=", 1)
|
|
os.environ[k.strip()] = v.strip()
|
|
|
|
_load_env()
|
|
|
|
|
|
# ─── Korekce (few-shot příklady) ──────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def load_corrections() -> list[dict]:
|
|
if CORRECTIONS_FILE.exists():
|
|
return json.loads(CORRECTIONS_FILE.read_text(encoding="utf-8"))
|
|
return []
|
|
|
|
def save_correction(original: str, corrected: str):
|
|
corrections = load_corrections()
|
|
for c in corrections:
|
|
if c["original"] == original and c["corrected"] == corrected:
|
|
return
|
|
corrections.append({"original": original, "corrected": corrected})
|
|
CORRECTIONS_FILE.write_text(
|
|
json.dumps(corrections, ensure_ascii=False, indent=2), encoding="utf-8"
|
|
)
|
|
print(f" ✓ Korekce uložena ({len(corrections)} celkem)")
|
|
|
|
def build_corrections_prompt() -> str:
|
|
corrections = load_corrections()
|
|
if not corrections:
|
|
return ""
|
|
lines = ["Příklady korekcí z minulých běhů (uč se z nich):"]
|
|
for c in corrections[-10:]:
|
|
lines.append(f' - špatně: "{c["original"]}"')
|
|
lines.append(f' správně: "{c["corrected"]}"')
|
|
return "\n".join(lines) + "\n\n"
|
|
|
|
|
|
# ─── Kontrola duplicit ───────────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def check_duplicates(rc: str, datum: str) -> list[str]:
|
|
"""
|
|
Hledá v Dokumentace_zpracovaná soubory se stejným RČ a datem.
|
|
Vrátí seznam názvů nalezených souborů.
|
|
"""
|
|
if not DOKUMENTACE.exists():
|
|
return []
|
|
prefix = f"{rc} {datum}"
|
|
return [f.name for f in DOKUMENTACE.iterdir() if f.name.startswith(prefix)]
|
|
|
|
|
|
# ─── Medicus ověření ──────────────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def _medicus_connect():
|
|
try:
|
|
import fdb
|
|
cfg = get_medicus_config()
|
|
return fdb.connect(
|
|
dsn=cfg.dsn,
|
|
user="SYSDBA", password="masterkey", charset="win1250"
|
|
)
|
|
except Exception as e:
|
|
print(f" [Medicus] Nepřipojeno: {e}")
|
|
return None
|
|
|
|
def _lookup_by_rc(cur, rc_digits: str) -> dict | None:
|
|
"""Přesné vyhledání podle RČ (bez lomítka)."""
|
|
cur.execute(
|
|
"SELECT IDPAC, PRIJMENI, JMENO, RODCIS FROM KAR "
|
|
"WHERE REPLACE(RODCIS, '/', '') = ?",
|
|
(rc_digits,)
|
|
)
|
|
row = cur.fetchone()
|
|
if row:
|
|
return {"idpac": row[0], "prijmeni": row[1].strip(), "jmeno": row[2].strip(), "rodcis": row[3].strip()}
|
|
return None
|
|
|
|
def _rc_candidates(rc: str) -> list[str]:
|
|
"""
|
|
Generuje kandidáty RČ pro fuzzy matching (edit distance 1):
|
|
- vynechání každé cifry (oprava extra znaku z OCR)
|
|
- záměna podobně vypadajících číslic na každé pozici
|
|
Vrátí unikátní seznam kandidátů bez původního RČ.
|
|
"""
|
|
similar = {"0": "8", "8": "0", "1": "7", "7": "1", "5": "6", "6": "5", "3": "8"}
|
|
candidates = set()
|
|
|
|
# Vynechání jedné cifry (nejčastější OCR chyba — přebývající nula)
|
|
for i in range(len(rc)):
|
|
candidates.add(rc[:i] + rc[i+1:])
|
|
|
|
# Záměna podobné cifry na každé pozici
|
|
for i, ch in enumerate(rc):
|
|
if ch in similar:
|
|
candidates.add(rc[:i] + similar[ch] + rc[i+1:])
|
|
|
|
candidates.discard(rc)
|
|
return sorted(candidates)
|
|
|
|
def _rc_checksum_ok(rc: str) -> bool:
|
|
"""Ověří dělitelnost 11 pro 10místná RČ (platí pro narozené po 1.1.1954)."""
|
|
digits = re.sub(r"\D", "", rc)
|
|
if len(digits) == 10:
|
|
return int(digits) % 11 == 0
|
|
return True # 9místná RČ nemají checksum
|
|
|
|
def verify_patient(rc_raw: str) -> dict:
|
|
"""
|
|
Ověří pacienta v Medicus.
|
|
Vrací:
|
|
status: "ok" | "fuzzy" | "not_found" | "offline"
|
|
patient: dict nebo None
|
|
rc_corrected: opravené RČ (pokud fuzzy) nebo None
|
|
"""
|
|
rc = re.sub(r"\D", "", rc_raw or "")
|
|
if not rc:
|
|
return {"status": "not_found", "patient": None, "rc_corrected": None}
|
|
|
|
con = _medicus_connect()
|
|
if con is None:
|
|
return {"status": "offline", "patient": None, "rc_corrected": None}
|
|
|
|
try:
|
|
cur = con.cursor()
|
|
|
|
# 1. Přesná shoda
|
|
patient = _lookup_by_rc(cur, rc)
|
|
if patient:
|
|
return {"status": "ok", "patient": patient, "rc_corrected": None}
|
|
|
|
# 2. Fuzzy matching — zkus kandidáty, preferuj ty s platným checksumem
|
|
candidates = _rc_candidates(rc)
|
|
matches = []
|
|
for cand in candidates:
|
|
p = _lookup_by_rc(cur, cand)
|
|
if p:
|
|
matches.append((cand, p))
|
|
|
|
if not matches:
|
|
return {"status": "not_found", "patient": None, "rc_corrected": None}
|
|
|
|
# Seřaď: platný checksum na prvním místě
|
|
matches.sort(key=lambda x: (0 if _rc_checksum_ok(x[0]) else 1))
|
|
best_rc, best_patient = matches[0]
|
|
return {"status": "fuzzy", "patient": best_patient, "rc_corrected": best_rc, "all_matches": matches}
|
|
|
|
finally:
|
|
con.close()
|
|
|
|
|
|
# ─── PDF → obrázek ────────────────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def pdf_to_images(pdf_path: str) -> list:
|
|
return convert_from_path(pdf_path, poppler_path=POPPLER_PATH, dpi=300)
|
|
|
|
def image_to_base64(image) -> str:
|
|
buf = io.BytesIO()
|
|
image.save(buf, format="JPEG", quality=95)
|
|
return base64.standard_b64encode(buf.getvalue()).decode("utf-8")
|
|
|
|
|
|
# ─── Extrakce Claude Vision ───────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def extract_patient_info(pdf_path: str) -> dict:
|
|
pdf_path = Path(pdf_path)
|
|
if not pdf_path.exists():
|
|
raise FileNotFoundError(f"Soubor nenalezen: {pdf_path}")
|
|
|
|
print(f"\nNačítám: {pdf_path.name}")
|
|
suffix = pdf_path.suffix.lower()
|
|
if suffix in (".jpg", ".jpeg", ".png"):
|
|
from PIL import Image
|
|
img = Image.open(pdf_path)
|
|
image_b64 = image_to_base64(img)
|
|
img.close()
|
|
else:
|
|
images = pdf_to_images(str(pdf_path))
|
|
image_b64 = image_to_base64(images[0])
|
|
del images
|
|
gc.collect()
|
|
|
|
prompt = (
|
|
build_corrections_prompt() +
|
|
"Toto je naskenovaná lékařská zpráva v češtině. "
|
|
"Vrať JSON s těmito poli:\n"
|
|
"- \"jmeno\": celé jméno pacienta (příjmení + jméno + případný titul)\n"
|
|
"- \"rodne_cislo\": rodné číslo pacienta BEZ lomítka (pouze číslice)\n"
|
|
"- \"datum_zpravy\": datum zprávy ve formátu YYYY-MM-DD\n"
|
|
"- \"typ_dokumentu\": typ dokumentu — "
|
|
"\"LZ {oddělení}\" = ambulantní/lékařská zpráva (např. \"LZ chirurgie\", \"LZ kardiologie\", \"LZ plicní\", \"LZ ORL\"); "
|
|
"\"PZ {oddělení}\" = propouštěcí zpráva z hospitalizace (např. \"PZ interna\", \"PZ neurologie\"). "
|
|
"Jiné typy: \"Laboratoř\", \"CT břicha\", \"MRI páteře\", \"kolonoskopie\", "
|
|
"\"operační protokol oční\", \"poukaz FT\", \"diagnostická mamografie\" atd.\n"
|
|
"- \"poznamka\": krátká klinická poznámka česky, max 80 znaků\n"
|
|
"- \"nazev_souboru\": název souboru ve formátu "
|
|
"\"{rodne_cislo} {datum_zpravy} {Příjmení}, {Jméno} [{typ_dokumentu}] [{poznamka}].pdf\" "
|
|
"(jméno bez titulu, RČ bez lomítka)\n"
|
|
"- \"rotace\": o kolik stupňů CCW je třeba otočit obrázek aby byl text čitelně na výšku nebo šířku "
|
|
"(hodnoty: 0, 90, 180, 270). Pokud je text již správně orientovaný, vrať 0.\n\n"
|
|
"Pokud pole nenajdeš, použij null. Nepiš nic jiného než JSON."
|
|
)
|
|
|
|
print(" Volám Claude Vision API...")
|
|
client = anthropic.Anthropic(api_key=os.environ.get("ANTHROPIC_API_KEY"))
|
|
response = client.messages.create(
|
|
model="claude-sonnet-4-6",
|
|
max_tokens=400,
|
|
messages=[{
|
|
"role": "user",
|
|
"content": [
|
|
{"type": "image", "source": {"type": "base64", "media_type": "image/jpeg", "data": image_b64}},
|
|
{"type": "text", "text": prompt},
|
|
],
|
|
}],
|
|
)
|
|
|
|
usage = response.usage
|
|
cost_input = usage.input_tokens * 3 / 1_000_000
|
|
cost_output = usage.output_tokens * 15 / 1_000_000
|
|
print(f" Tokeny: {usage.input_tokens} in + {usage.output_tokens} out = ${cost_input + cost_output:.4f}")
|
|
|
|
raw = response.content[0].text.strip()
|
|
if raw.startswith("```"):
|
|
raw = raw.split("```")[1]
|
|
if raw.startswith("json"):
|
|
raw = raw[4:]
|
|
try:
|
|
return json.loads(raw.strip())
|
|
except json.JSONDecodeError:
|
|
print(f" VAROVÁNÍ: nelze parsovat JSON: {raw!r}")
|
|
return {"nazev_souboru": None, "raw": raw}
|
|
|
|
|
|
# ─── Interaktivní schválení ───────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def sanitize_filename(name: str) -> str:
|
|
return re.sub(r'[<>:"/\\|?*]', '', name)
|
|
|
|
|
|
def _rename_dialog(nazev: str, info_lines: list[str]) -> str | None:
|
|
"""
|
|
Tkinter dialog pro schválení / opravu názvu souboru.
|
|
Vrátí finální název (s .pdf) nebo None = přeskočit.
|
|
"""
|
|
import tkinter as tk
|
|
|
|
result = {"value": None}
|
|
|
|
root = tk.Tk()
|
|
root.tk.call("encoding", "system", "utf-8")
|
|
root.title("Schválení názvu souboru")
|
|
root.resizable(True, False)
|
|
root.attributes("-topmost", True)
|
|
|
|
pad = {"padx": 12, "pady": 6}
|
|
|
|
# Informační sekce
|
|
frame_info = tk.Frame(root, bg="#f0f0f0", bd=1, relief="sunken")
|
|
frame_info.pack(fill="x", **pad)
|
|
for line in info_lines:
|
|
color = "#b00000" if line.startswith("⚠") else "#004080" if line.startswith("✓") else "#333"
|
|
tk.Label(frame_info, text=line, anchor="w", bg="#f0f0f0",
|
|
fg=color, font=("Segoe UI", 10)).pack(fill="x", padx=8, pady=1)
|
|
|
|
# Pole pro název (bez .pdf)
|
|
tk.Label(root, text="Název souboru (bez .pdf):", anchor="w",
|
|
font=("Segoe UI", 9, "bold")).pack(fill="x", padx=12, pady=(10, 2))
|
|
|
|
nazev_bez = nazev[:-4] if nazev and nazev.endswith(".pdf") else (nazev or "")
|
|
var = tk.StringVar(value=nazev_bez)
|
|
entry = tk.Entry(root, textvariable=var, font=("Segoe UI", 10), width=90)
|
|
entry.pack(fill="x", padx=12, pady=(0, 10))
|
|
entry.icursor(tk.END)
|
|
entry.focus_set()
|
|
|
|
# Tlačítka
|
|
frame_btn = tk.Frame(root)
|
|
frame_btn.pack(pady=(0, 12))
|
|
|
|
def schvalit(event=None):
|
|
result["value"] = var.get().strip()
|
|
root.destroy()
|
|
|
|
def preskocit(event=None):
|
|
result["value"] = None
|
|
root.destroy()
|
|
|
|
tk.Button(frame_btn, text="✓ Schválit (Enter)", command=schvalit,
|
|
bg="#2a7a2a", fg="white", font=("Segoe UI", 10, "bold"),
|
|
padx=16, pady=6).pack(side="left", padx=8)
|
|
tk.Button(frame_btn, text="✗ Přeskočit (Esc)", command=preskocit,
|
|
bg="#7a2a2a", fg="white", font=("Segoe UI", 10),
|
|
padx=16, pady=6).pack(side="left", padx=8)
|
|
|
|
root.bind("<Return>", schvalit)
|
|
root.bind("<Escape>", preskocit)
|
|
|
|
# Vystředit okno na obrazovce
|
|
root.update_idletasks()
|
|
w, h = root.winfo_width(), root.winfo_height()
|
|
sw, sh = root.winfo_screenwidth(), root.winfo_screenheight()
|
|
root.geometry(f"+{(sw - w) // 2}+{(sh - h) // 2}")
|
|
|
|
root.mainloop()
|
|
return result["value"]
|
|
|
|
|
|
def print_verification(verif: dict, rc_from_scan: str):
|
|
"""Vypíše výsledek ověření proti Medicus."""
|
|
status = verif["status"]
|
|
patient = verif.get("patient")
|
|
|
|
if status == "ok":
|
|
print(f" ✓ Medicus: {patient['prijmeni']} {patient['jmeno']} | RČ {patient['rodcis']}")
|
|
elif status == "fuzzy":
|
|
rc_corr = verif["rc_corrected"]
|
|
print(f" ⚠ Medicus: RČ ze skenu '{rc_from_scan}' nenalezeno")
|
|
print(f" → Nalezen podobný pacient: {patient['prijmeni']} {patient['jmeno']} | RČ {patient['rodcis']}")
|
|
print(f" → Pravděpodobná oprava RČ: {rc_from_scan} → {rc_corr} (OCR chyba)")
|
|
if len(verif.get("all_matches", [])) > 1:
|
|
print(f" → Další shody: {[m[0] for m in verif['all_matches'][1:]]}")
|
|
elif status == "not_found":
|
|
print(f" ✗ Medicus: RČ '{rc_from_scan}' nenalezeno ani při fuzzy hledání")
|
|
elif status == "offline":
|
|
print(f" — Medicus: nedostupný (offline), ověření přeskočeno")
|
|
|
|
|
|
def interactive_rename(pdf_path: Path, info: dict, verif: dict) -> bool:
|
|
"""
|
|
Otevře tkinter dialog pro schválení / opravu názvu.
|
|
Schválený soubor přesune do Processed/ a smaže z ToProcess/.
|
|
"""
|
|
rc = re.sub(r"\D", "", verif["patient"]["rodcis"] if verif.get("patient") else info.get("rodne_cislo") or "")
|
|
datum = info.get("datum_zpravy") or ""
|
|
duplicity = check_duplicates(rc, datum)
|
|
|
|
# Oprava RČ při fuzzy matchi
|
|
nazev = info.get("nazev_souboru")
|
|
if verif["status"] == "fuzzy" and verif.get("rc_corrected") and nazev:
|
|
rc_scan = re.sub(r"\D", "", info.get("rodne_cislo") or "")
|
|
nazev = nazev.replace(rc_scan, verif["rc_corrected"], 1)
|
|
print(f" → Název aktualizován s opraveným RČ")
|
|
|
|
# Sestavení info řádků pro dialog
|
|
rc_from_scan = re.sub(r"\D", "", info.get("rodne_cislo") or "")
|
|
status = verif["status"]
|
|
patient = verif.get("patient")
|
|
info_lines = []
|
|
if status == "ok":
|
|
info_lines.append(f"✓ Medicus: {patient['prijmeni']} {patient['jmeno']} | RČ {patient['rodcis']}")
|
|
elif status == "fuzzy":
|
|
info_lines.append(f"⚠ RČ ze skenu '{rc_from_scan}' → opraveno na {verif['rc_corrected']}")
|
|
info_lines.append(f" Pacient: {patient['prijmeni']} {patient['jmeno']} | RČ {patient['rodcis']}")
|
|
elif status == "not_found":
|
|
info_lines.append(f"✗ RČ '{rc_from_scan}' nenalezeno v Medicus")
|
|
else:
|
|
info_lines.append("— Medicus nedostupný (offline)")
|
|
if duplicity:
|
|
info_lines.append(f"⚠ DUPLICITA: {', '.join(duplicity)}")
|
|
|
|
print()
|
|
print("─" * 70)
|
|
if nazev:
|
|
print(f" Navržený název: {nazev}")
|
|
print(" Otevírám dialog...")
|
|
|
|
odpoved = _rename_dialog(nazev or "", info_lines)
|
|
|
|
if odpoved is None:
|
|
print(" Přeskočeno.")
|
|
return False
|
|
|
|
if not odpoved.endswith(".pdf"):
|
|
odpoved += ".pdf"
|
|
final_name = sanitize_filename(odpoved)
|
|
|
|
if nazev and nazev != final_name:
|
|
save_correction(nazev, final_name)
|
|
|
|
if not final_name or final_name == ".pdf":
|
|
print(" Název je prázdný, přeskakuji.")
|
|
return False
|
|
|
|
dest = PROCESSED / final_name
|
|
if dest.exists():
|
|
print(f" VAROVÁNÍ: '{final_name}' již existuje v Processed, přeskakuji.")
|
|
return False
|
|
|
|
for attempt in range(5):
|
|
try:
|
|
if pdf_path.suffix.lower() in (".jpg", ".jpeg", ".png"):
|
|
from jpg_to_pdf import image_to_pdf
|
|
image_to_pdf(pdf_path, dest, rotate_ccw=info.get("rotace") or 0)
|
|
else:
|
|
shutil.copy2(pdf_path, dest)
|
|
break
|
|
except PermissionError:
|
|
if attempt < 4:
|
|
time.sleep(0.5)
|
|
else:
|
|
raise
|
|
|
|
pdf_path.unlink()
|
|
print(f" ✓ Uloženo: Processed/{final_name}")
|
|
return True
|
|
|
|
|
|
# ─── Hlavní logika ────────────────────────────────────────────────────────────
|
|
|
|
def process_file(pdf_path: Path):
|
|
info = extract_patient_info(str(pdf_path))
|
|
|
|
rc_from_scan = re.sub(r"\D", "", info.get("rodne_cislo") or "")
|
|
print(f" Ověřuji v Medicus (RČ: {rc_from_scan})...")
|
|
verif = verify_patient(rc_from_scan)
|
|
print_verification(verif, rc_from_scan)
|
|
|
|
interactive_rename(pdf_path, info, verif)
|
|
|
|
def process_folder(folder: Path):
|
|
pdf_files = sorted(f for f in folder.iterdir()
|
|
if f.suffix.lower() in (".pdf", ".jpg", ".jpeg", ".png"))
|
|
if not pdf_files:
|
|
print(f"Žádná PDF nenalezena v: {folder}")
|
|
return
|
|
|
|
print(f"Nalezeno {len(pdf_files)} PDF soubor(ů).\n")
|
|
for pdf_file in pdf_files:
|
|
try:
|
|
process_file(pdf_file)
|
|
except Exception as e:
|
|
print(f" CHYBA: {e}")
|
|
|
|
print("\nHotovo.")
|
|
|
|
|
|
if __name__ == "__main__":
|
|
if len(sys.argv) > 1:
|
|
target = Path(sys.argv[1])
|
|
else:
|
|
target = TO_PROCESS
|
|
|
|
PROCESSED.mkdir(exist_ok=True)
|
|
TO_PROCESS.mkdir(exist_ok=True)
|
|
|
|
if target.is_file() and target.suffix.lower() in (".pdf", ".jpg", ".jpeg", ".png"):
|
|
process_file(target)
|
|
elif target.is_dir():
|
|
process_folder(target)
|
|
else:
|
|
print("Použití: python extract_patient_info.py [soubor.pdf nebo složka]")
|
|
sys.exit(1)
|