janssen/IWRS/create_report_v1.0.md

create_report_v1.0.py — IWRS report (pacienti + léky v jednom Excelu)

Verze: 1.0 | Datum: 2026-06-10

Sjednocuje bývalé Patients/create_subject_report.py a Drugs/create_report.py (oba přesunuty do Trash/). Postaveno na drugs verzi, která už pacientské listy obsahovala — pacientský report z XLSX byl její překonaná podmnožina (četl mrtvý adresář IncomingSourceReports/, neměl UCO flag sloupce ani I-0 dopočet).

Zdroj a výstup

• Zdroj: výhradně MongoDB studie — kolekce iwrs_subject_summary, iwrs_visits, iwrs_inventory, iwrs_destruction, iwrs_shipments, iwrs_shipment_items. Žádné čtení XLSX → nezávisí na adresářích Patients/ a Drugs/. Data plní run_all_v1.1.py.
• Výstup: IWRS/Reports/YYYY-MM-DD {study} IWRS report.xlsx — kolize ve stejný den → HHMM před příponou (konvence common.paths.unique_path, nahrazuje dřívější číslování v{n}).

Listy (v pořadí)

#	List	Obsah
1	Přehled	stav pacientů; škrtnutí Screen Failed/Discontinued, bold Randomized + Adolescent; UCO3001 navíc flagy Rescreened / ADT-IR / ≥3 Adv.Th. / 5-ASA only / Uste. / Isol.Proct.
2	Next Visits	očekávané visity aktivních subjektů, řazeno podle data; visit I-0 = screening + 42 dní
3	Patient Visits	proběhlé visity s medikací (group by visit, Med IDs + Qty)
4	CountryMedicationOverview	sklad per kit, zeleně Destroyed + Basket No.
5	Expired as of …	expirované nepřiřazené kity na centrech (červená hlavička)
6	Assigned not dispensed	přiřazené, nevydané
7	Not returned	nevrácené kity z minulých visit (vs. Max Visit Date)
8	Kits for destruction	vrácené/nevydané kity čekající na destrukci
9	Shipments	zásilky + položky, dvoubarevná hlavička (zásilka modrá / detail zelená)
10	Site Summary	počty kitů per centrum a status (Available/Assigned/Dispensed/Returned/Total)

Formátování beze změny převzato z obou původních skriptů (pruhované řádky, autofit, autofilter, freeze panes, data DD-MMM-YYYY).

Použití

python create_report_v1.0.py                     # obě studie (2 soubory)
python create_report_v1.0.py --study 42847922MDD3003

Typický postup: python run_all_v1.1.py (stáhne+naimportuje čerstvá data) → python create_report_v1.0.py.

Změny proti původním skriptům

• jméno výstupu … IWRS report.xlsx (dříve … CZ IWRS overview v{n}.xlsx, resp. … Subject Summary.xlsx)
• výstupní adresář IWRS/Reports/ (dříve Drugs/output/, resp. Patients/CreatedReports/)
• pořadí listů: Přehled první (dříve Patient Visits první)
• list ZDROJ ze starého subject reportu vypuštěn (surová data jsou v Mongu vč. snapshot historie)
• přidán přepínač --study