5.0 KiB
Clario Report — 77242113UCO3001
| Verze | 1.5 |
| Datum | 2026-06-01 |
Sada skriptů pro import Clario CSV exportů (MayoScore, MayoDiary) do MongoDB a generování interaktivního Excel reportu pro studii 77242113UCO3001.
Přehled
Skript create_report.py generuje Excel report ze dvou MongoDB kolekcí (databáze Clario) do adresáře U:\Dropbox\!!!Days\Downloads Z230\.
Název výstupního souboru: YYYY-MM-DD 77242113UCO3001 Clario Reports.xlsm
Pokud soubor se stejným názvem již existuje, přidá se suffix (2), (3) atd.
Soubor je ve formátu .xlsm (Excel s makry). Při otevření je nutné povolit makra.
Spuštění
python create_report_v1.5.py
Listy
MayoScore
Jeden řádek = jeden záznam (pacient × visit).
Zdroj: Clario.MayoScore — 37 záznamů, 14 pacientů, 8 center.
Řazení: Site → Subject ID → Visit (I-0, I-2, I-4, I-8, I-12, Unscheduled).
Řádky s Visit = I-0 a Modified Mayo Score < 5 jsou zobrazeny červeně tučně.
Interaktivita: Klik na libovolný řádek automaticky přepne na list EligibleDays a vyfiltruje záznamy pro daného pacienta a visit.
| Sloupec | Popis |
|---|---|
| Site | Kód centra |
| Subject ID | Číslo pacienta |
| Visit | Kód návštěvy |
| Visit Date | Datum návštěvy |
| Baseline Stool Frequency | Výchozí frekvence stolic |
| Central Endoscopy Score | Centrální endoskopické skóre |
| PGA Score | Celkové hodnocení lékaře |
| Stool Frequency Sub-score | Subscore frekvence stolic |
| Rectal Bleeding Sub-score | Subscore rektálního krvácení |
| Partial Mayo Score | Parciální Mayo skóre |
| Modified Mayo Score | Modifikované Mayo skóre |
| Full Mayo Score | Úplné Mayo skóre |
| Site Action | Akce centra |
| Last Mayo Score Submission | Datum posledního odeslání Mayo skóre |
| Wk I-12 Responder | Klinický respondér ve Wk I-12 |
| Wk I-12 Remission | Klinická remise ve Wk I-12 |
| Clinical Flare | Klinický vzplanutí |
| Loss of Response | Ztráta odpovědi |
| Partial Mayo Post LoR | Parciální Mayo odpověď po ztrátě odpovědi |
| Partial Mayo Non-Resp | Parciální Mayo odpověď u klinických non-respondérů |
MayoDiary
Jeden řádek = jeden denní záznam deníku pacienta.
Zdroj: Clario.MayoDiary — 1 098 záznamů, 20 pacientů, 10 center.
Řazení: Subject ID → Report Date.
| Sloupec | Popis |
|---|---|
| Subject ID | Číslo pacienta |
| Report Date | Datum záznamu |
| Baseline Stool Count | Výchozí počet stolic |
| Stool Frequency | Frekvence stolic daný den |
| MAYO050 | Popis rektálního krvácení |
| Not Applicable | Záznam nepřipadá v úvahu |
| Constipation | Zácpa |
| Diarrhea | Průjem |
| Irregularity | Nepravidelnost |
EligibleDays
Jeden řádek = jeden eligible day (-1 až -10) z MayoScore, obohacený o data z MayoDiary pro stejného pacienta a datum.
Řazení: Subject ID → Visit → Den (-1 první).
Dny nezahrnuté do výpočtu skóre (Included = No): žluté pozadí, šedý font.
| Sloupec | Popis |
|---|---|
| Included | Byl den zahrnut do výpočtu Mayo skóre? (Yes/No) |
| Subject ID | Číslo pacienta |
| Visit | Kód návštěvy |
| Visit Date | Datum návštěvy |
| Day | Číslo dne (-1 až -10) |
| Report Date | Datum daného dne |
| Baseline Stool Count | Výchozí počet stolic |
| Stool Frequency | Frekvence stolic daný den (z MayoDiary) |
| MAYO050 | Popis rektálního krvácení (z MayoDiary) |
| Not Applicable | Záznam nepřipadá v úvahu (z MayoDiary) |
| Constipation | Zácpa (z MayoDiary) |
| Diarrhea | Průjem (z MayoDiary) |
| Irregularity | Nepravidelnost (z MayoDiary) |
Import dat do MongoDB
Skript import_to_mongo.py načte CSV soubory z adresáře downloads/ a zapíše je do MongoDB.
python import_to_mongo.py # všechny CSV z downloads/
python import_to_mongo.py downloads/soubor.csv # jeden soubor
Mapování souborů na kolekce
| Vzor v názvu souboru | Kolekce | Klíč záznamu |
|---|---|---|
MayoDiary |
Clario.MayoDiary |
Subject ID + Form Number |
MayoScore |
Clario.MayoScore |
Participant ID + Visit |
Filtr
Importují se pouze řádky s Country == "Czech Republic".
Struktura dokumentu MayoScore
Outcome sloupce jsou uloženy jako top-level pole dokumentu (ne uvnitř fields{}), pro snadné MongoDB dotazy:
Site ActionLast Mayo Score SubmissionWeek I-12 Clinical ResponderWeek I-12 Clinical RemissionClinical FlareLoss of ResponsePartial Mayo Response Post Loss of ResponsePartial Mayo Response for Clinical Non-Responders
Ostatní datové sloupce jsou v fields{}.
Historie změn
Při změně datových polí se předchozí verze uloží do pole history[] dokumentu spolu s datem změny. Záznamy se nikdy nemažou.
Po zpracování se soubor přesune do downloads/Zpracovano/.
MongoDB
| Parametr | Hodnota |
|---|---|
| URI | mongodb://192.168.1.76:27017 |
| Databáze | Clario |
| Kolekce | Clario.MayoScore, Clario.MayoDiary |