janssen/CTMS/PanoramaContacts/CLAUDE.md

PanoramaContacts — CLAUDE.md

Účel adresáře

Import kontaktů středisek (site contacts) z exportů systému PANORAMA (CTMS) do MySQL a jejich zobrazení ve Streamlit web reportu. Filtruje pouze záznamy pro Czechia. Aktuálně pokryté protokoly:

Protocol ID	TA
77242113UCO3001	Immunology
42847922MDD3003	Neuroscience

---

Soubory

Soubor	Účel
import_CZ_contacts.py	Import xlsx → MySQL
webreport.py	Streamlit web report
run_webreport.py	PyCharm launcher (streamlit run webreport.py)
sql/create_CTMS_contacts.sql	DDL tabulky CTMS_contacts
SourceData/*.xlsx	PANORAMA Dashboard exporty (zdrojová data)
filter_state.json	Automaticky ukládaný stav filtrů (generuje app)

---

MySQL

• Host: 192.168.1.76:3306 · DB: studie · Tabulka: CTMS_contacts
• Sheet v xlsx: Site Contacts, header na řádku 6 (0-based index 5)

Klíčové sloupce tabulky

Sloupec	Typ	Poznámka
file_date	DATE	Z dcterms:created v docProps/core.xml xlsx
imported_at	DATETIME	Auto timestamp importu
protocol_id	VARCHAR(20)	Identifikátor studie
site_id	VARCHAR(15)	Středisko (např. DD5-CZ10006)
contact_role	VARCHAR(50)	Role kontaktu (PI, Study Coordinator, …)
contact_start_date	DATE	Začátek platnosti kontaktu
contact_end_date	DATE	Konec platnosti — NULL = stále aktivní
email	VARCHAR(100)	Hlavní e-mail

---

import_CZ_contacts.py

• Zpracuje všechny *.xlsx v SourceData/
• Přeskočí soubory, jejichž file_date ≠ dnešní datum (UTC)
• Přepis: DELETE + INSERT podle (file_date, protocol_id, country_name)
• clean_value() převede NaN / NaT / Timestamp na typy přijatelné MySQL driverem

---

webreport.py — Streamlit app

Filtry (sidebar)

Filtr	Widget	Logika options
Střediska	radio	Aktivní / Neaktivní / Všechna
Protokol	selectbox	Z celé DB
Role	multiselect	Filtrováno dle protokolu + aktivní/neaktivní
Site	multiselect	Filtrováno dle protokolu + aktivní/neaktivní
Hledání	text_input	Fulltext přes všechny sloupce řádku

Logika filtru Střediska

Hodnota	Site podmínka	End Date podmínka
Aktivní	site_id v ACTIVE_SITES	contact_end_date IS NULL
Neaktivní	site_id NOT v ACTIVE_SITES	bez omezení
Všechna	bez omezení	bez omezení

Aktivní střediska (ACTIVE_SITES)

"77242113UCO3001": {
    "DD5-CZ10001", "DD5-CZ10003", "DD5-CZ10006", "DD5-CZ10009",
    "DD5-CZ10010", "DD5-CZ10012", "DD5-CZ10013", "DD5-CZ10015",
    "DD5-CZ10016", "DD5-CZ10020", "DD5-CZ10021", "DD5-CZ10022",
}
"42847922MDD3003": {
    "S10-CZ10004", "S10-CZ10008", "S10-CZ10011", "S10-CZ10012",
}

Perzistence filtrů

• Stav se ukládá do filter_state.json při každé změně filtru (on_change=save_filter_state)
• Načítá se jednou za session přes flag filters_initialized v st.session_state
• Při načítání se hodnoty validují vůči aktuálním options (ochrana před zastaralými daty)

Clipboard tlačítko

• Knihovna pyperclip — kopíruje přímo do Windows clipboardu ze serverové strany
• Formát: Jméno Příjmení <email@domain.cz>; …
• Reaguje na aktuálně zobrazené (filtrované) záznamy

Cache

• @st.cache_data(ttl=300) — data se drží 5 minut
• Tlačítko 🔄 Obnovit data volá st.cache_data.clear() + st.rerun()

---

Závislosti (venv)

mysql-connector-python
pandas
openpyxl
streamlit
pyperclip