Migrate IWRS from MySQL to MongoDB

- Add IWRS/common/mongo_writer.py with shared connection, indexes,
  upsert+snapshot helpers
- Add IWRS/Patients/import_to_mongo.py (subject_summary + visits)
- Add IWRS/Patients/import_notifications_to_mongo.py: parse PDF/JSON
  directly to Mongo (incl. PDF as BinData), replaces 2-step MySQL flow
- Add IWRS/Drugs/import_to_mongo.py (shipments, items, inventory,
  destruction)
- Add IWRS/backfill_mysql_to_mongo.py: one-shot history backfill
- Switch IWRS/Patients/run_all.py and IWRS/Drugs/run_all.py to Mongo
- Rewrite IWRS/Drugs/create_report.py data loaders to read from Mongo
- 8 main collections (upsert = latest state) + 5 snapshot collections
  (append-only with import_id) under studie database; notifications and
  destruction are immutable and need no snapshots

Co-Authored-By: Claude Opus 4.7 <noreply@anthropic.com>

claude-memory/project_claude_learning.md

@@ -0,0 +1,29 @@
+---
+name: project-claude-learning
+description: "Stav Claude Code learning path z claude-howto repa — úroveň, mezery, doporučené projekty"
+metadata: 
+  node_type: memory
+  type: project
+  originSessionId: 2ed1a640-5825-4eb5-98bc-748c8b15e08d
+---
+
+Vladimir prošel `/self-assessment` z [claude-howto](U:/janssen/claude-howto/) repa dne 2026-06-03.
+
+**Úroveň:** Level 2 — Intermediate (3/8 quick assessment)
+
+**Zvládnuté:** CLI základy, CLAUDE.md/memory (viz [[setup-memory-sync]]), MCP servery (medevio, medicus-firebird, fotky-buzalkovi)
+
+**Mezery k doučení (v pořadí priorit):**
+1. Custom slash commands & Skills — [claude-howto/01-slash-commands/](U:/janssen/claude-howto/01-slash-commands/), [03-skills/](U:/janssen/claude-howto/03-skills/)
+2. Subagenty (`.claude/agents/`) — [04-subagents/](U:/janssen/claude-howto/04-subagents/)
+3. Hooks (PreToolUse/PostToolUse) — [06-hooks/](U:/janssen/claude-howto/06-hooks/)
+4. Print mode `claude -p` pro CI/CD — [10-cli/](U:/janssen/claude-howto/10-cli/)
+
+**Navržené praktické projekty propojené s reálnou prací:**
+- EDC monitoring skill + subagent (navazuje na [[project-edc-mongo]])
+- Medevio asistent skill přes existující MCP server
+- IWRS xlsx validator subagent + hook (navazuje na [[project-covance]])
+
+**Why:** User chce postupně rozšiřovat Claude Code dovednosti, ale dnes (2026-06-03) odložil pokračování — vrátí se k tomu později.
+
+**How to apply:** Až user řekne "pokračujeme v learning path" nebo podobně, navaž od Fáze 1 (Slash Commands → Skills). Nedělej hned všechno — postupuj po fázích, vždy nejprve tutoriál + praktické cvičení napojené na jeho reálnou práci (Covance, EDC, Medevio, IWRS).