z230

2026-06-10 11:59:19 +02:00
parent a41f97b86b
commit 7b2f69ad85
275 changed files with 16726 additions and 0 deletions
@@ -0,0 +1,56 @@
+# create_report_v1.0.py — IWRS report (pacienti + léky v jednom Excelu)
+
+**Verze:** 1.0 | **Datum:** 2026-06-10
+
+Sjednocuje bývalé `Patients/create_subject_report.py` a `Drugs/create_report.py`
+(oba přesunuty do `Trash/`). Postaveno na drugs verzi, která už pacientské listy
+obsahovala — pacientský report z XLSX byl její překonaná podmnožina (četl mrtvý
+adresář `IncomingSourceReports/`, neměl UCO flag sloupce ani I-0 dopočet).
+
+## Zdroj a výstup
+
+- **Zdroj:** výhradně MongoDB `studie` — kolekce `iwrs_subject_summary`,
+  `iwrs_visits`, `iwrs_inventory`, `iwrs_destruction`, `iwrs_shipments`,
+  `iwrs_shipment_items`. Žádné čtení XLSX → nezávisí na adresářích
+  `Patients/` a `Drugs/`. Data plní `run_all_v1.1.py`.
+- **Výstup:** `IWRS/Reports/YYYY-MM-DD {study} IWRS report.xlsx`
+  — kolize ve stejný den → ` HHMM` před příponou (konvence `common.paths.unique_path`,
+  nahrazuje dřívější číslování ` v{n}`).
+
+## Listy (v pořadí)
+
+| # | List | Obsah |
+|---|---|---|
+| 1 | Přehled | stav pacientů; škrtnutí Screen Failed/Discontinued, bold Randomized + Adolescent; UCO3001 navíc flagy Rescreened / ADT-IR / ≥3 Adv.Th. / 5-ASA only / Uste. / Isol.Proct. |
+| 2 | Next Visits | očekávané visity aktivních subjektů, řazeno podle data; visit I-0 = screening + 42 dní |
+| 3 | Patient Visits | proběhlé visity s medikací (group by visit, Med IDs + Qty) |
+| 4 | CountryMedicationOverview | sklad per kit, zeleně Destroyed + Basket No. |
+| 5 | Expired as of … | expirované nepřiřazené kity na centrech (červená hlavička) |
+| 6 | Assigned not dispensed | přiřazené, nevydané |
+| 7 | Not returned | nevrácené kity z minulých visit (vs. Max Visit Date) |
+| 8 | Kits for destruction | vrácené/nevydané kity čekající na destrukci |
+| 9 | Shipments | zásilky + položky, dvoubarevná hlavička (zásilka modrá / detail zelená) |
+| 10 | Site Summary | počty kitů per centrum a status (Available/Assigned/Dispensed/Returned/Total) |
+
+Formátování beze změny převzato z obou původních skriptů (pruhované řádky,
+autofit, autofilter, freeze panes, data DD-MMM-YYYY).
+
+## Použití
+
+```
+python create_report_v1.0.py                     # obě studie (2 soubory)
+python create_report_v1.0.py --study 42847922MDD3003
+```
+
+Typický postup: `python run_all_v1.1.py` (stáhne+naimportuje čerstvá data)
+→ `python create_report_v1.0.py`.
+
+## Změny proti původním skriptům
+
+- jméno výstupu `… IWRS report.xlsx` (dříve `… CZ IWRS overview v{n}.xlsx`,
+  resp. `… Subject Summary.xlsx`)
+- výstupní adresář `IWRS/Reports/` (dříve `Drugs/output/`, resp. `Patients/CreatedReports/`)
+- pořadí listů: Přehled první (dříve Patient Visits první)
+- list ZDROJ ze starého subject reportu vypuštěn (surová data jsou v Mongu
+  vč. snapshot historie)
+- přidán přepínač `--study`